所謂的“近距離戰鬥（CQC）”，指的是在貼近敵人的狀態下，使用武器（槍枝，刺刀等）或以徒手方式制服敵人的一種戰鬥技巧，而《潛龍諜影 3》的“近距離戰鬥”則是在玩家裝備不同武器的狀態下，會自動產生對應的“近距離戰鬥”技巧，如摔倒對方、使用武器搏擊、防禦等動作。
遊戲製作小組特別請到名軍事顧問與近身搏擊術專家暨作家 毛利元貞 來指導“近距離戰鬥系統”的動作，並使用最新的動作擷取（Motion Capture）技術，以忠實呈現軍隊近距離戰鬥的技巧。
《潛龍諜影 3》將遊戲背景移至冷戰時代，有別於前兩作的現代，而場景也從人造建築物及軍事基地等，移到險惡的叢林環境，除了野外求生這個難關之外，在匿蹤方面引入了“迷彩偽裝系統”，戰鬥方面引入了“近距離戰鬥系統”，加上原本就相當豐富的操作系統，可以預見《潛龍諜影 3》將帶給玩家嶄新的遊戲體驗。
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