本次《風色幻想 5～赤月戰爭～》是個全新故事的開始，與過去幾代沒有劇情上的牽連，除了在劇情細膩度和設定上會維持過去的風格，五代劇情還將突破性的出現 2 名女主角。玩家在進行劇情之時，可與 2 名女主角逐漸交流彼此的感情，而玩家在進行劇情中所做的選擇，也會影響著 2 名女主角的劇情路線，並導致最終結局走向的分歧。
《風色幻想 5》在遊戲的戰鬥系統部份做了大改革。為了提升遊戲的戰略性，研發團隊採用了「行動順序制戰鬥系統（Action Order Battle）」，戰場所有的敵我角色將依據特定的能力數值來決定行動先後順序，搭配上自由的必殺技及刻紋技能兩大系統，讓玩法更具變化性。
