然而，由於華義與日本原廠迪吉帕克股份有限公司（暫譯，原名 DigiPark Inc.）對於 2001 年 3 月 19 日所簽署的「開發・製造・銷售授權合約書」內容，產生認知上的糾紛，因此，迪吉帕克於 2003 年 4 月 21 日，正式向台北地方法院提起訴訟，請求禁止台灣華義繼續運營《石器時代》。
雙方對於合約書的主要認知差異，在於迪吉帕克認為該公司僅授權台灣華義於台灣、香港、中國地區內，在 OS 作業系統為 MicroSoft Windows95/98/2000 下，使用中文繁體字版及中文簡體字版之遊戲運營權。
至於華義方面則認為在合約書的協定範圍內，他們擁有遊戲再製開發之權利，因此在運營《石器時代》的過程中，也授權第三者研發「gameboy advance」平台版本的《石器時代》遊戲。在認知不同、且多次協調後仍無法取得共識的情況下，雙方因而走上法律途徑。
2008 年 6 月 24 日，經台灣最高法院裁定後，駁回華義之上訴請求，維持一審與二審判決迪吉帕克公司勝訴之結果。經法院三審裁判定讞後，結束這起纏訟多年的官司。
官司結束後，迪吉帕克對於台灣最高法院所做的裁定表示歡迎，同時也重申該公司擁有《石器時代》於包括中國、韓國等鄰近亞洲諸國地區，所擁有的著作權利。同時，迪吉帕克也表示，將以精益求精的精神延續產品線，除《石器時代》外，更將持續製作遊戲續篇《石器時代 2（StoneAge 2）》，希望不負國內外眾多玩家的期待。
華義方面則表示，對此項判決結果感到傷心，但他們仍尊重司法判決，因此做出停止運營的決定，希望各位玩家諒解。至於如果有玩家希望嘗試其他旗下的網路遊戲，華義也規劃了相關活動，協助他們轉移至其他遊戲中，並且也整理了一些《石器時代》週邊小禮物，要免費贈送給玩家。
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