而在遊戲系統方面，本作中採取任務制，當玩家任務終了時可以入手道具等物品，而玩家在單人玩時可以選擇用GBA或NGC手把來當作搖桿使用操作，至於在多人模式時由於GBA上會各自表現出地圖及敵人等不同的情報，因此玩家必須互相交換情報彼此提醒才能順利過關。而遊戲中也支援玩家最多4人一起同樂冒險，而遊戲中的畫面也全部都是以即時方式處理，雖然沒有動畫，也沒有像之前「FF」那種富戲劇性的畫面，但在整體內容故事上依然非常豐富，頗值得玩家與朋友一起來攜手挑戰同樂。
而在遊戲戰鬥方面，基本上戰鬥方式較偏向類似於「聖劍傳說」之類的戰鬥方式。但由於瘴氣橫行，因此玩家必須擁有一項名為水晶護面的道具，才能防止守護玩家們的身體免於瘴氣侵蝕。但有一點玩家必須注意的是，當玩家離開水晶護面的守護範圍之後，很容易就會因為受到瘴氣的侵蝕而死亡，因此在戰鬥中玩家最好盡量避免單獨行動，盡量跟在有水晶護面的伙伴身邊會比較安全。而持有水晶護面的伙伴由於會陷入無防備狀態，因此此時玩家也要善盡保護之責，以免他被幹掉後最後陷入全軍覆沒的慘劇之中。
另外當玩家打倒敵人後有時會出現所謂寶珠的道具，玩家可以藉由寶珠施展各式各樣的魔法如火球術或回復術等等。但由於每一個寶珠都只能使用一次而已，因此玩家必須慎重使用。而且本作魔法還會隨地形等環境影響而改變威力，如在冰上使用雷擊、在油裡面使用火焰魔法時威力都會增強，玩家可以善用此點對敵人造成更重大的傷害，一舉將劣勢逆轉過來獲得最後勝利。而本作在遊戲中雖然沒有玩家熟悉的召喚獸登場，但玩家卻可以藉由伙伴協力合作來施展出華麗的合體魔法重創敵人，帶領團隊獲得最後勝利。
