《宇宙戰艦大和號 2199 遊星方舟》時間設定在《宇宙戰艦大和號 2199》(TV版)第24話到第25話中間,描述大和號在抵達伊斯康達爾後返程路上的故事。踏上歸程的大和號在大麥哲倫星系的邊緣與新的敵人嘉德蘭迪斯(ガトランティス,相當於原系列的「白色彗星帝國」)相遇,拒絕引渡船體要求的大和號為了迴避戰鬥而以WAVE逃脫嘉德蘭迪斯最新兵器「火焰直擊砲」的猛攻,然而卻被某個意志引導到了未知的行星。而同時加米拉斯在七星團之戰中的殘兵也到來了。
在未知的行星上,大和號的望鄉、嘉德蘭迪斯的野心、加米拉斯的復仇,互不相讓之三方勢力的想法,在這顆平靜的行星上交錯。