本作採取的遊戲方法就是「只要將神奇寶貝圖案湊齊三個排列一起給予對方損傷」這樣規則的益智解謎，跟野生神奇寶貝的戰鬥勝利過關為目標的益智遊戲。
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神奇寶貝新作
《神奇寶貝消消樂》
預定二月開始免費下載！
決勝關鍵是消掉手中的神奇寶貝圖案！
《神奇寶貝消消樂》是一款利用腦筋解謎跟野生神奇寶貝戰鬥，並以獲得神奇寶貝的遊戲。
戰鬥方法很簡單，只要將相同的神奇寶貝圖案湊成三個橫列直線，就可以給予野生神奇寶貝傷害。
雖然在 2014 年 3 月開始開放下載的《神奇寶貝戰鬥益智方塊（ポケモンバトルトローゼ）》也是相同的神奇寶貝益智遊戲，但是《神奇寶貝消消樂》的特別在於移動神奇寶貝時需要注意「步數」這項限制。由於沒有時間限制，就算放置一段時間思考也不會感受到壓迫，能夠輕鬆上手。而要闖關成功的話，必須要在限制步數中將野生神奇寶貝的 HP 歸零才行。
為了掌握竅門，關鍵就是要有效率地消除神奇寶貝圖案。
替換神奇寶貝圖示的位置，湊齊三隻並排一起。這裡將以第三行的傑尼龜做示範，讓牠跟右邊的小火龍交換後，就可以各自成為三個並排。
並排消掉的神奇寶貝就是攻擊野生神奇寶貝，並減少牠們的 HP。
一旦移動神奇寶貝圖示，「剩餘步數（のこり手かず）」就會減少。在這標示歸零之前先將野生神奇寶貝的 HP 歸零的話就是闖關成功。
掌握神奇寶貝的選擇就是將勝負關鍵握在手中，使用百萬進化吧！
每個神奇寶貝各自都存有不同的屬性，屬性之間也有相性存在。
而且，一直使用同樣的神奇寶貝還會提升等級，也能給予對方更大的損害。
為此，盡量多收集神奇寶貝並且培育，跟野生神奇寶貝的戰鬥也就能更有效率地闖關成功。
還有，在《神奇寶貝消消樂》之中，會使用百萬進化的神奇寶貝也會登場。一使用百萬進化的話，就能夠一次大量地消掉神奇寶貝圖示。
連續遊玩次數相關
在本作有連續遊玩次數五次的限制。
雖然遊戲次數會隨著時間回復，但也可以消耗在遊戲內得到、或是透過商店購買的道具來繼續玩遊戲。其它也有支援戰鬥的便利道具，隨著遊戲方式變得更加有趣。
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