《大航海時代 5》主打海上探索和冒險玩法，並承襲《大航海時代》系列作品三大主軸，以 15 世紀至 17 世紀，帶給歐洲人無窮希望的「地理大發現」為歷史背景，歐洲無數勇敢的冒險家駕著小船，向廣闊而未知的大海挑戰。本作承襲《大航海時代》系列作品「探索」、「交易」、「海戰」三大主軸，並增加新的遊戲要素。
任務系統
《大航海時代 5》中玩家可透過「任務系統」承接各種任務，獲得額外報酬。玩家可先至酒館或休息站請船員們喝酒或吃飯來提振士氣，獲得任務提示，當城市酒館有酒館女侍駐店，玩家只要與酒館女侍打好關係，任務的提示會變得精確。
交易系統
玩家可使用遊戲中的「交易系統」購買交易品，至沒有賣該交易品的其他港口賣出，以賺取利潤。此外，玩家交易品的數量將視船團的交易能力合計值而定，玩家可透過雇用新航海士、培養航海士、增加交易能力後，增加交易量，賺取更多利潤。
造船系統
《大航海時代 5》中玩家蒐集到船隻設計圖後，即可透過「造船系統」打造全新船隻，航行海上。此外，當玩家航海後船隻產生破損，則可進行「修理」恢復船隻性能，如玩家進行「完全修理」則可將船回復到和新船同樣性能。
海戰系統
本作中最引人入勝的「海戰系統」分為「砲擊回合」和「各艦戰鬥回合」，其中「砲擊回合」為敵我雙方一起進行砲撃戰鬥，而「各艦戰鬥回合」則敵我雙方船隻 1 對 1 戰鬥，勝負結果將受近距離、中距離、遠距離３種互有相剋關係的屬性所影響，戰鬥過程中玩家可變更船隻屬性，施展不同戰術，給予對手更大傷害，獲得最大勝利。
此外，玩家在酒館中還有機會與其他玩家進行對戰，獲得勝利後玩家將依戰鬥內容獲得對戰點數，並依點數數量兌換每日報酬。
投資系統
遊戲中玩家可透過「投資系統」提升都市等級，隨著等級提升，城市將會出現新產品或以往特產品將變成品質良好之物。
除此之外，官方也同步推出台灣專屬在地化限定角色「林默娘」，採用媽祖娘娘少女時期的美麗外貌為範本，在遊戲中擁有「預知危險」的強大技能，成為隊伍中的航海士，當進行探索時，將可替玩家預知危險，逃避災禍。
《大航海時代 5》於今日起正式展開公測。
