《最高機密》的故事背景為公元 2060 年,當時有一個被通稱為「第九」、全名為「科學警察研究所‧法醫第九研究室」的政府機關。其工作主要是負責從已死去的人們腦中提取出還活著時所見到的影像,從而使各種懸案得以破案。該機構是被高度保密的,而且由於涉及到私生活及倫理性的問題,就連在警察內部也得不到正式的認可。而被分配在這裡工作的研究員青木一行,與擁有稀有的美貌的「第九」室長薪剛一起,從被害者生前所看到的影像中尋找線索,從而追察出各類事件的真相。但是,面對死者的記憶,卻意外的帶出許多超出常人想像的殘酷……
電影版的《最高機密》由曾執導《神劍闖江湖》真人版電影的 大友啓史擔任監督,除了將由生田斗真飾演主角「薪剛一起」之外,發配到第九的新人「青木一行」將由 岡田將生飾演,第一法醫研究所驗屍官「三好雪子」則將由 栗山千明擔綱演出,而電影版的原創角色:熱血刑警「眞鍋駿介」將由 大森南朋飾演。