在本作故事裡，主要描述一對鍊金術師兄弟為了讓死去的母親再度復活而進行一場「人體鍊成」的禁忌之術，但由於過程失敗導致弟弟失去肉體只能寄宿在鎧甲之內，哥哥也因而失去左腳與右手。為了取回兩兄弟失去的肉體，於是兩人決定出發尋找傳說中的秘寶「賢者之石」。而遊戲部分則是以原作的第九話「家人在等待的家」與第十話「賢者之石」這兩段章節為舞台，並加入原創的全新劇情要素，帶給玩家不同原作故事的全新樂趣。
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