蹂躪海洋的謎之敵人「深海棲艦」。
胸懷昔日艦艇之魂，唯一能夠對抗這一威脅的「艦娘」們。
賭上艦娘們的據點「鎮守府」的存亡，雙方展開激戰的「MI作戰」，
在特型驅逐艦「吹雪」的活躍之下，以艦娘們的勝利收場，
但自那場激戰以來，她們的戰鬥愈演愈烈。
以MI作戰的成功為起點，鎮守府的戰力進入了南方海域。
隨著連續攻陷敵軍泊地，其戰域也逐漸地擴大。
在此期間，艦娘們集結於新的前線基地，準備著下一場作戰。
歷經戰鬥而成長，並隨著新戰力的加入而接連在作戰中獲得成功，
令她們意氣揚揚，但此時作為目標的海域卻發生了重大的異變。
在那裡等待著艦娘們的會是——。
吹雪，以及新的艦娘的物語，如今前往新的海域！
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