傳說在上古之時，北方天帝顓頊身邊曾有玄京、玄冥兩位海神輔佐，然而玄京卻不知為何鑄下大錯，被天界派人封印於極北之地，此後世間只知玄冥之名，而玄京卻連存在卻不復被人記憶…
不過在五代故事發生的僅僅數年之前，黎王紫丞在世間引起一場仙魔大戰，影響遍及三界，被封印已久的玄京趁隙從封印中脫出，就此遁逃人間……
官方指出，《幻想三國誌 5》的時空背景發生在比前幾代都更為靠後的「三國時代後期」；此時的曹操、劉備都已經駕崩，玩家所熟知的三國君主只剩下孫權在位。不過，此時北方曹丕已經登基，以司馬懿為左右手積極擴張魏國勢力；而西南劉禪也已在諸葛亮的輔佐下即位，誓言繼承父親遺志。在這樣的三國新氣象中，本代遊戲的主角，已經悄悄現身在蜀漢西南邊陲的一座小村莊裡……
