迷彩偽裝系統是《潛龍諜影 3》所導入的新系統，玩家將可以自由搭配主角所穿著的迷彩服裝以及臉部油彩偽裝，提昇自己的偽裝隱蔽率，藉以躲過敵人的耳目。迷彩偽裝系統的重點在於依照主角身處的環境，選擇適當花紋的迷彩衣，讓自己融入環境背景之中，目前公布有以下 7 種迷彩花紋可以選擇：
TREE BARK (樹皮)，BLACK (黑色)，OLIVE DRAB (橄欖黃)
TIGER STRIPE (虎斑)，LEAF (樹葉)，SNOW (雪白)，FIRE (火焰)
而臉部油彩則有：
NO PAINT (未塗無油彩)，WOODLAND (森林地帶)，BLACK (黑色)
當玩家選擇越能與所處環境融合的迷彩時，以百分比計的偽裝隱蔽率就會提高，被敵人發現的機率也就越低，而主角的姿勢也會影響偽裝隱蔽率的高低，如匍伏前進時的偽裝隱蔽率就會比站立時為高。遊戲中並將新增「潛行模式」，雖然此模式的行動速度變慢，但可以在不引起敵人注意的狀況下悄悄行動，配合迷彩偽裝系統，將可達成來無影去無蹤的諜報潛入最高境界。
除了迷彩偽裝系統之外，《潛龍諜影 3》還將引入近距離戰鬥系統，比以往作品更加接近真實戰場的環境。要如何發揮這些新系統，來克服所面對的嚴酷致命的自然環境與敵人，將會是《潛龍諜影 3》的遊戲重點。
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