Nintendo Switch 主機上市之後，陸續傳出玩家反應左手的 Joy-Con 控制器感應不良，有一定機率與主機配對產生錯誤。根據海外媒體 Polygon 向北美任天堂客服中心詢問，官方證實的確有發生上述的錯誤，今後生產的 Joy-Con 控制器將修正這個問題。
根據任天堂的說法，這個錯誤來自於硬體面，並非程式面的問題，無法透過線上更新除錯。同時，配對錯誤並非 Joy-Con 控制器設計層面上的問題，是因分裝工廠的離散，以致發生少數組裝上的錯誤，目前並無進行大規模的修理和換貨計畫。
另外，根據北美任天堂的回覆，如果發生 Joy-Con 控制器配對錯誤的玩家，將可連絡北美任天堂客服中心判斷是否需要送修，任天堂將會免費調整，在一周內將控制器送回玩家手中。但關於日本及亞洲是否在服務範圍內尚未明朗。
海外媒體 CNET 也揭露，經過拆解，送修的 Joy-Con 控制器在送回後，控制器的右下角增設了導電泡棉，修正後的 Joy-Con 控制器確認可正常與主機配對。
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送修前
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送修後
而從 Amazon 新購入的 Joy-Con 拆解後並無看到增設的導電泡棉，但內部製造編號從 Q-1 16402 變更為 0-4 16342，根據推測製造流程已經變更，目前新一批的 Joy-Con 並無發生過配對錯誤的問題。
