過去在這個世界上，曾經有一個「神」與「人」，還有由異界而來的邪惡神靈「魔神」，三者之間互相混戰的時代。
在世界處於漫長之戰的末期時，人類藉由身為始祖的鍊金術師吉克德拉德（ジーグドラド）所創造出的封印術，不僅討伐了眾多魔物，就連魔神都被葬送於異界的彼端。
羅姆雷亞（ロムレア）王國初代女王維多莉雅（ヴィトーリア），終於藉由人類之手完成了統一大陸的偉業，並讓人類親手奪回這個世界。
在這之後經過了 500 年的時光－－
舞台為羅姆雷亞王國王立圖書館。
傳說中被葬送至異界的魔神…… 其實還活著！
在不完全的狀態下被封印在這個世上的魔神復活了。
由優秀調查士（ライブラ）－－弗里德 ‧ 艾因哈特（フリード・アインハルト）率領的王立圖書館討伐隊，為了在這次完全封印魔神而出征了。
王立圖書館最深處－－
在通往異界之門已經被開啟，正逐漸進行異界化的神秘迷宮裡，弗里德一行人終於開始與魔神進行最後決戰。
但是！！在強敵 “魔神” 面前的弗里德一行人卻慘敗了 －－
「羅姆雷亞王國，將會墮落至黑暗之中」
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