吃下去的食物在通過人體胃部後，會運送到腸道──故事的舞台，就是發生在益菌、害菌、伺機菌共存的這個腸道內。最喜歡蔬菜、水果等食物的益菌，因為宿主（正值青春年華的女高中生）總是吃肉，而逐漸喪失戰力。這時，分解動物性蛋白質後產生有害物質的害菌，便開始大肆擴張地盤……。沒想到，當害菌們還在歌詠勝利的喜悅，宿主就突然改變飲食習慣，喝下的大量綠色果昔成為了益菌的養分，情勢瞬間逆轉！除了兩方陣營的激烈交戰，還有見風轉舵的伺機菌、可愛的醫療兵龍根菌，以及彷彿大魔王般難以對付的沙門氏菌，隨時準備加入戰局！有著各種樣貌與特性的細菌們，都將在《工作細菌》一一登場。
《工作細胞》全書基本上是以封面的兩位──產氣莢膜梭菌（害菌）與比菲德氏菌（益菌）為主角，兩人帶領著各自的同伴爭奪領地，並同時對宿主的飲食習慣感到憤怒。雖然他們彼此是死對頭，但在必要情況下也需要合作，可說是亦敵亦友的關係。書中的每個角色都個性鮮明，搭配簡單易懂知識與熱血對決。東立出版社表示，另外兩部衍伸作《不工作細胞》與《工作細胞 BLACK》之後也皆會陸續安排在台出版。
