日美聯合反恐組織「防衛省中央調查部諜報2科分室」通稱CIRS（Central Intelligence and Research Second）在海上油井爆炸事件（《灰色的樂園》結局的希斯·奧斯羅事件）後因被公之於眾而重組為SORD（Social Ops,Research & Development）。
以培育國防人才為目的的SORD與全國各地的學校展開合作，廢校後被閒置的「美濱學園」被個人所收購，成為了「特殊技能訓練校」。
在校園中，因各種理由而失去了容身之地的少女們被授予武器。以國防的名義，她們被派遣執行一個又一個危險的任務。
「我們被賦予在世界上的容身之處。但僅僅那樣是不夠的，躲在別人的背後活著毫無意義。
所以要依靠自己的力量，為生存而戰鬥。只有倖存者才有活著的資格」
無論遭受何等苦難卻選擇拿起武器繼續戰鬥的少女們的未來是…
一如既往的日常光景――。
不過在其背後，少女們寂靜地嚴陣以待。
連 春人 都不例外。他也緊握武士刀，為了「即將到來的時刻」做準備。
遠處傳來了聲音――呼喚他們的聲音。
前所未聞的大規模作戰，召集了CIRS以及SORD全體部隊。
他們將要迎擊的敵人是宗教組織TFA（The Fatal Answer），
組織裡的 漆原縁 和 鮫島黒江 正等待著他們的進攻。
有坂秋桜里 對於是否要把年紀尚幼的孩子們送往戰場感到猶豫不決。
學生們的命運，交由她的判斷來決定。
有坂身為組織的一員、身為一個人而苦惱不已──。
「有坂老師有即使要殺死他人，也想要守護的事物嗎？」
「這本小手冊，大概會成為我的遺物吧」
「這份經驗總有一天能夠拯救他人的性命！」
「如果敵方勢力中有『小孩』在的話，你會開槍嗎？」
「不要後悔啊？」
「比起什麼都不做而感到後悔來的好！」
各自的想法交錯於激烈的戰場之中，而映照在有坂眼裡的光景是——
「我以為自己已經見識過很多次的地獄，然而現在的我是這麼認為的：
至今為止我所見過的地獄，都稱不上是真正的地獄」
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