本遊戲是以日本家喻戶曉的「神奇寶貝（Pokemon）」結合知名系列作《不可思議的迷宮》所構成的迷宮冒險遊戲，遊戲中會動態產生各種不同的迷宮，化身為神奇寶貝的玩家，將與夥伴們一同組成救難隊，勇闖不可思議的迷宮，幫助各種遭遇困難的神奇寶貝。
遊戲中將收錄有 380 種以上的神奇寶貝，而在同時推出的 GBA《紅色》與 NDS《藍色》兩版本中，除了在操作與顯示上因為主機硬體而有所不同之外，登場的神奇寶貝也略有不同，之外的內容則大致相同。如玩家於迷宮冒險中不幸被打倒，同樣也可以呼叫其他的救難隊來幫助自己，呼叫的方法包括透過 NDS 無線網路、透過 GBA 對戰連接線、透過 NDS 與 GBA 卡匣連動，以及透過密碼交換等方式。
本次任天堂於官方網站公布，NDS 版《神奇寶貝不可思議的迷宮 藍色救難隊》在遊玩過程中，如果主機上的 GBA 卡匣插槽安裝有《神奇寶貝不可思議的迷宮 紅色救難隊》以外的遊戲，可能會導致該 GBA 卡匣的記憶存檔被消除。對此任天堂將提供免費回收更換的服務，凡是持有本遊戲的日本當地玩家，皆可於官方網站上登記要求更換，任天堂將於 12 月 8 日起透過快遞到府更換。
《神奇寶貝不可思議的迷宮 紅 / 藍色救難隊》11 月 17 日發售，定價 4800 日圓（含稅）。
