《異世界藥局》故事描述，一名年輕的藥學學者，因為過於熱衷研究，導致他還壯志未酬就過勞死。而他張開眼睛之後，竟發現自己轉世成了專為王公貴族診療的宮廷藥師名門德‧麥第奇家之子――法馬。然而，法馬對這個充斥錯誤的療法、調劑法，甚至還橫行著稱不上醫療行為的咒法和巫術的世界絕望至極。
「不想想辦法不行啊……至少要為這個世界的人們著想――
他擁有前世所累積的現代藥學知識，搭配上在異世界得到的作弊能力「物質創造＆物質消除」。法馬運用這些知識和能力，面對媽媽的腰痛到女王的絕症等等……各種疑難雜症。接著，他與「認為應將真正有效的藥品提供給每一個人」的奴婢少女珞緹、以及美女家教艾倫等人，開設了「異世界藥局」。而法馬訂下的目標則是──
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