《雷電 3》採用3D繪圖方式來構成遊戲畫面，藉由新一代的 PC 相容大型電玩基板「TAITO Type X」的 3D 圖形處理，呈現出更為生動的場景與角色，以及歷代《雷電》所著稱的絢麗特效。除了保留大型電玩的熱血射擊外，也保留了 PS2 版的家用原創要素。
◆ 攻擊方式迥異的各式兵器
在《雷電 3》，只要利用簡單的按鈕，就能操控機體在萓h子彈中穿梭，並加以反擊。遊戲中可以使用的主要武器有：廣範圍攻擊的「火神機炮」、單點火力集中的「雷射」、任意彎曲掃射的「質子雷射」三種，同時還能挑選「核子飛彈」、「導向飛彈」、「雷達飛彈」3 個副武器，藉此達到截長補短的效果，才能在危機四伏的關卡裏順利擊敗敵人、且安然無恙地生存到最後。
◆ 全新得分倍率系統
遊戲中導入了可讓戰鬥變得更加刺激有趣的設計「得分倍率系統（Flash Shot System）」，強化了「攻擊是最好的防禦」觀念。玩家只要多玩幾遍，熟記每個敵人的所在位置，事先移動並迅速擊落對手，就能得到一般的 2 倍高分。靠著這個新設計，玩家將可在一瞬間把積分飆高，藉此與朋友一較高下。
◆ PC 版新要素
除了保留大型電玩的特色外，《雷電 3》PC 版還追加新要素，如讓玩家自由練習各關卡並找出取得高分方法的「高分模式」、只有頭目登場挑戰無限頭目地獄的「頭目模式」以及閱覽 CG 機體與原畫的「資料與畫廊模式」等，同時還增加了可將直向轉為橫向射擊的模式，讓玩家能夠選擇自己習慣的遊戲方式。
