命名為《奇幻寶貝》，就是要點出遊戲中以寵物為主軸的特點。玩家一次可以操控三隻寵物進行遊戲，面對不同的敵人，派出不同的寵物軍團。若缺少特定的寵物，還可以自己合成，目標就是要成為寵物合成大師。
◆ 結合戰略要素的 MMORPG
《奇幻寶貝》中，玩家一次可操控三隻寵物進行戰鬥，透過即時戰略的操作方式，一次圈選包含主角在內的四隻角色合力攻擊；也可以運用策略，指派每一隻寵物針對不同的敵人進行攻擊。或是依據寵物的特性，讓牠們分別擔任隊上重要的角色。
◆ 不斷合成的寵物培養系統
《奇幻寶貝》遊戲內的寵物共有三百種以上，龍、獸、蟲、機械、神秘、惡魔、鳥、植物等相互剋制的八大系列可愛寵物，都可以成為戰鬥的夥伴。玩家一次最多可攜帶 20 隻，然後再依對戰情況適時調整自己的寵物軍團。
某些特定的寵物需要透過特定的合成公式才有機會出現，所以搞清楚合成方程式，才是成為寵物大師最重要的關鍵。而和主角一樣，寵物會在戰鬥中獲得經驗值，提升等級，也會因此提升寵物的技能，甚至玩家還能幫牠穿上專屬的裝備，藉此提升牠的能力。
◆ 靠朋友提升經驗值
《奇幻寶貝》中沒有組隊，取而代之的是「朋友系統」。只要是好友名單中的朋友在同一個範圍內戰鬥，大家都可以得到經驗加成。
◆ 場面浩大的攻城戰
《奇幻寶貝》中的攻城戰是以公會為單位來參加，只要玩家的公會報名參加攻城戰，包含玩家角色在內，屆時就會有陣容龐大的寵物軍團佔滿整個螢幕。讓攻城戰的雙方都派上自己引以為傲的寵物組合，為了奪取勝利而展開激烈的攻防。
