群英社表示，神奇寶貝於 1998 年推出後風靡全球 10 餘年，「決戰時空之塔」日本上映後，獲得 50.2 億日幣佳績，躍升為 2007 年日本國產動畫電影 NO.1，以日本 2007 年度國產電影為評比，神奇寶貝電影版「決戰時空之塔」也毫不遜色，排名僅次於由木村拓哉主演的年度冠軍作品「HERO」 (票房 81 億日幣)，並打敗由香取慎吾主演的「西遊記」(票房 45 億日幣)，成為日本國產電影第二名。
「決戰時空之塔」故事描述踏上新冒險之旅的小智與皮卡丘，還有小剛等，路途上遇見楚楚可憐的女性「艾莉絲」，並一同前往象徵「時空之塔」的白楊鎮，在那裡將舉辦神奇寶貝華麗大賽。
然而，最近在白楊鎮出現一個來歷不明的神奇寶貝，他會讓人與神奇寶貝昏厥並產生惡夢；在鎮裡的名士「艾伯特男爵」，為了捕捉而組成了討伐部隊，終於迫使它出現了，也是人之稱為夢幻的神奇寶貝「達克萊伊」。
另一方面，艾莉絲的青梅竹馬「東尼歐」、身為科學家的他察覺到空間異常的現象，結果在白楊鎮的上空，居然發生了「時空的夾縫」，被稱為神的兩隻神奇寶貝「帝牙盧卡」與「帕路奇犽」這時雙雙出現；絕對不能碰面的兩隻神奇寶貝，與達克萊伊相遇之時，就連時空都為之撼動，史上最大的戰鬥將就此拉開序幕。
