《新世紀福音戰士：機密檔案》遊戲內含三線故事。「基本、主角路線」能透過劍崎的第三者角度來解開原作的種種謎團；「瞳路線」則透過新登場的原創角色來感受步步逼近的威脅。另外，只要提升與真嗣、綾波零和明日香的關係就能觸發不同結局。
在遊戲首發版中將收錄男女主角一式 5 款的 Post Card，以及遊戲攻略設定本，讓粉絲們一拿到遊戲就能開始補完所有動畫裡的謎團。光譜資訊也表示，雖然遊戲到 22 日才會在一般通路中上架，但參加預購的玩家在 21 日起，就能提前收到遊戲與預購贈品──53x77cm 的大張紀念海報。
