在第三彈的電影版作品中，冬樹與 KERORO 小隊一起去參觀印加帝國遺跡。他們在那裡發現了迷宮般奇妙的遺跡，卻粗心大意地誤觸了陷阱，就在大家在逃命時，發現了一位佇立在迷宮之中的神秘少女。冬樹與 KERORO 小隊們就這樣帶著對少女的疑問回到了東京，而他們也漸漸遺忘了這個事情。
然而，最強的敵人、長相相貌神似 KERORO 的黑暗 KERORO 就在此時無預警的現身。他和沉迷於鋼彈的傻瓜青蛙非常不同，有著異常冷靜、沉著的態度，並且準備好可以迅速侵略地球的可怕計畫。黑暗 KERORO 帶著 SHIVAVA、DORURU、MIRURU 三個優秀的手下們，開始侵略世界各地，日向一家與 KERORO 小隊將挺身而出再次成功保衛地球。
《KERORO 軍曹 3 超劇場版 KERORO V.S KERORO天空大決戰》將自 10 月 31 日開始可在中華電信 MOD 頻道上收看，關於收看方式以及播出時間等詳細訊息，接公佈於官方網站上。
