《伊蘇 Online》五大特殊能力系統，包含「武器及防具製作、師徒、女神像、鑲嵌、能量技能」系統，此五大特殊能力系統是未來玩家於遊戲中不可或缺的系統功能，玩家可透過這五大系統獲得外裝或能力的提升，成為獨當一面的冒險者。
◆ 武器、防具製作系統介紹
武器防具製作系統，是在遊戲中除了以打怪或從商人外，最主流的裝備取得方式。首先玩家可透過各城鎮裡的製作工匠學習製作技能，再至各地收集製作需要的材料後，向 NPC 進行製作即可。但玩家可學得的技能會依玩家角色的等級而變化。
◆ 師徒系統
《伊蘇 Online》的師徒系統，可讓玩家在遊戲中與較低等級的玩家締結師徒關係，擔任師父級的玩家可以隨著徒弟等級的提升而獲得不一樣的獎勵。經由雙方同意後始可締結師徒關係，人物角色只要達 40 級以上即可申請擔任師父、人物角色 39 級以下則可申請擔任徒弟，且一個師父只能對應一個徒弟，當徒弟達到特定等級，師父也需同時於遊戲中才能夠獲得經驗加成的獎勵效果。
◆ 女神像系統
雙子女神是伊蘇世界的創造者和守護神，遊戲中玩家可透過捐獻獲得女神的恩寵。女神像系統本身有著獨特的成長設定，透過玩家的捐贈，可以使女神像獲得四個階段的成長，每一階段的成長可維持一小時，在前一至三階段中，玩家可獲得恩寵狀態，成長到第四階段時，便可接受女神像的祝福。
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◆ 鑲嵌系統
鑲嵌系統指的是玩家可以透過搭配不同的屬性寶石，來有效改變裝備的能力數值及整體表現，而鑲嵌系統和原本的強化系統所加成的能力方面則不會互相衝突。而寶石隨著普通、稀少、罕見三種不同等級的寶石，可附加提升的效果值也不太一樣。
◆ 能量技能系統
《伊蘇 Online》遊戲世界中，而玩家只要與怪物進行戰鬥時，即可累積角色能量表，當能量表滿額就會產生一顆能量珠，玩家角色最多可同時獲取 5 顆能量珠。能量系統相關的技能是依靠能量珠來進行發動；而先行開放的版本中，能量技能系統包含能量技能、天賦技能和攻擊技能加乘三種領域，而每種領域的能量卡又由三種不同增益狀態系能力組成，因此每張能量技能卡擁有九種不同增益狀態的效果，玩家可依需求自由使用能量珠來發動不同的能力。
․ 能量技能
基本上可大略區分為攻擊、防禦及速度三種分系，攻擊系包含了攻擊傷害，爆擊率以及命中率這三種能力；防禦系則有血魔上限、防禦力以及技能的施展速度；速度系則包含攻擊速度、移動速度以及爆擊三種效果。
․ 天賦技能
主要也是透過消耗能量珠來使用，差別在於無法透過裝備能量卡，必須向 NPC 學習才可獲得技能。玩家一開始可獲得驚天動地、生命轉換及魔力轉換這三種天賦技能，玩家可依需求進而向 NPC 學習並搭配能量珠來獲得進階的功能。
․ 攻擊技能加乘系統
可使攻擊技能加倍的效果，玩家可啟動攻擊技能加乘的能力來獲得攻擊技能傷害加倍的效果。不同於天賦技能，攻擊技能加成所消耗的能量珠數量是固定的，每次啟動後有效時間為 1 分鐘，可以使用攻擊技能的效果獲得 2 倍的能力。
