故事的主角：16 歲的少年「九澄博士」從大都市搬至新住宅區「嫦娥町」，而以河川分隔成舊市街與新市街的嫦娥町中，依舊留存著許多奇妙的文化和風俗習慣。在新市街與新朋友相處愉快的博士，卻受到同班同學「櫛名田眠」的勸告，告訴他千萬不能接近舊市街，而圍繞著舊市街的離奇事件和謎團究竟又是什麼？
《神秘大失蹤》的原案 竜騎士07 過去曾帶領同人社團「07th Expansion」製作遊戲《暮蟬鳴泣時》、《海貓鳴泣時》等作。而擔任原作人物設定的雙人組漫畫家 PEACH-PIT，過去曾作有《薔薇少女》、《殭屍借貸》、《守護甜心》等作品。
《神秘大失蹤》目前尚未宣佈預定電視動畫的預定播映日期，更多詳細資訊也尚待日後發表。
