《雷頓教授與魔神之笛》是全系列全球累計出貨超過 550 萬套的《雷頓教授》系列前 3 部曲完結後，再度展開的新 3 部曲第 1 章，以「解謎 × 相遇的故事」為主題，同樣由「頭腦體操」系列作者多湖輝擔任謎題監修。
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遊戲以初代作《雷頓教授與不可思議的城鎮》3 年前為背景，故事敘述某日雷頓教授收到老友克拉克‧崔頓的一封信，信中提到「神秘巨人出現，並接連破壞城鎮」。
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看過信之後的雷頓教授，於是與突然出現的女助手蕾咪‧阿爾泰一同造訪克拉克居住的城鎮「霧谷」。在霧谷等待他到來的，是在神秘巨人破壞下倖存並預言世界末日即將到來的少年路克。為了解開與神秘巨人破壞城鎮相關的「魔神傳說」，雷頓教授將挑戰各式各樣的謎題與陸續現身的敵人，串聯眾多謎題後所浮現的，將是令人驚愕的事實...
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遊戲同樣請到豪華配音陣容來擔任角色的語音演出，包括老班底的雷頓教授（配音：大泉洋）、少年路克（配音：堀北真希），新登場的新系列作女主角蕾咪（配音：相武紗季）、死敵迪斯科爾（配音：渡部篤郎）與客串女主角尤菈（配音：南澤奈央）等。
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| 雷頓教授 | 蕾咪‧阿爾泰 | 少年路克 |
遊戲片尾曲則是請到安藤裕子演唱，遊戲中並將出現以她造型所設計的角色。
遊戲中並預定收錄可遊玩超過 100 個小時的附加角色扮演模式《雷頓教授的倫敦生活》，只要本篇過關之後就會出現。該模式由擔任《奇幻生活》開發的 Brown Brown 所製作，是以《奇幻生活》的系統為基礎，並針對《雷頓教授》系列加以改編而成。
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NDS《雷頓教授與魔神之笛》預定 11 月 26 日推出，價格 5040 日圓。
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