在《3D 惡靈終結者》這款遊戲中,故事描述軍方自行研發生化武器,因實驗執行的數據和劑量錯誤,導致這些實驗原料感染了用以進行實驗的生物,遭受感染的生物如同發狂的猛獸,不只血染軍方的地下實驗室,更經過大量繁殖後侵佔了整個基地。
而玩家扮演的就是遊戲中的無名英雄,除了在地下基地裡進行冒險和搜索,更得一舉殲滅這些惡靈怪物,並找到出路。玩家在遊戲中可隨機取得機槍、火箭砲、火燄發射器、電漿槍等威力強大的武器,用以對付出奇不意的怪物,但要避免慘遭怪物群圍攻,在生命值不斷減少同時,更要擊破散落基地四處的木箱,裡面除了有玩家需要的急救包、強心劑、防身盔甲等物件,和最終關卡需要的炸藥,可幫助玩家們渡過難關。
另外遊戲也融入了小迷宮,玩家如果在基地內迷路了,可隨時叫出地圖查看目前位置,最後玩家可妥善利用發電機,讓怪物無法掌握自己的行蹤,再以聲東擊西方式一舉打敗它們,只要在找到出路重見天日,邁向遊戲的勝利之路便近在眼前。