原作漫畫是由 尼子騒兵衛所著的《忍者亂太郎》，作品以日本戰國時代的忍者學校為舞台，描述主角「亂太郎」與「霧丸」、「新兵衛」還有眾多的朋友和老師們所發生的趣事。
而該作曾於 1996 年推出一部長約 46 分鐘左右的短篇動畫電影，並與其他兩部作品同時在日本電影院上映。因此本次將推出的《忍者亂太郎 忍術學園 全員出動！》除了是作品睽違十多年的動畫電影之外，也是《忍者亂太郎》的第一部長篇動畫電影。
《忍者亂太郎 忍術學園 全員出動！》將以原著的漫畫單行本第 37 集作為中心，描述在暑假結束後，正打算前往一年級教室的亂太郎、霧丸以及新兵衛，卻發現同學喜三太因為搞錯了習題而捲入麻煩中，亂太郎等人於是在學園長的命令之下，準備救出喜三太！
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參與《忍者亂太郎 忍術學園 全員出動！》演出的聲優皆與電視動畫系列中的成員相同，作品預定將於明（2011）年 3 月在日本上映。
