在《魔法少女奈葉》的故事中，一個平凡的國小三年級女生，高町奈葉遇到了一起小小的事件，那就是與「魔法」的邂逅，以及為了異世界之遺產「寶石種子」而戰的命運。與愛機「魔導師之杖」旭日之心一起翱翔天際的她，卻遭到同樣年紀的少女魔導師菲特‧泰斯塔羅沙的阻擋。即使被迫參加這場無可避免的戰鬥，奈葉仍想傳達自己的心意，悲傷的命運與勇氣的誓言，兩名少女將乘著這兩股思念所劃出的軌跡，飛舞於天空。
該作的第一部動畫電影作品《魔法少女奈葉 劇場版 第 1 彈》，以第一季的電視動畫為基礎，加入新設定、劇本等不同元素，呈現完全的平行世界故事，並於今年 1 月份在日本上映（台灣為今年 8 月上映）。
而作為其續作的《魔法少女奈葉 劇場版 第 2 彈 A's》目前僅公開預定將在 2012 年上映，更多詳細資訊還有待日後陸續釋出。
