《A 列車 9 3D 程式》是替《A 列車 9》追加支援 3D 立體顯示玩法的付費強化更新程式，支援 NVIDIA 的 3D Vision 技術，包括光影處理、游標與介面等都針對 3D 立體顯示進行最佳化，讓玩家以更逼真有臨場感的方式享受經營鐵道建設都市的樂趣。
要享受《A 列車 9 3D 程式》的 3D 立體顯示效果，必須搭配 GeForce 8 / 9 / 200 / 300 / 400 / 500 系列 NVIDIA 繪圖卡、3D Vision 套件（含 3D 眼鏡與傳送器）與支援 3D Vision 的顯示器。
PC《A 列車 9 3D 程式》3 月 23 日釋出，採線上下載方式提供，價格 1050 日圓。
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