《女王之刃 叛亂》故事自前女王逢魔的女王 阿爾多拉敗北、四年一度的 Queen's Blade 第三十屆的比賽落幕之後展開。 坐上王位的新女王，雷雲之將 克羅蒂特（クローデット）受到眾人的尊敬及期待，不但廢除了貴族制的重稅制度，並派遣女王的軍隊到各地鎮壓亂象，確實地回應了眾人的期許。
然而這樣的情況在一年之後卻變了樣，在這些德政的背後，其實隱藏著比前女王還要獨霸的政治，克羅蒂特宣布自己將成為永遠支配大陸的女王，並廢止了 Queen's Blade……。為了推翻這樣的政局，叛亂的騎士姬 安妮洛特與她所率領的叛亂軍，決心挺身出戰克羅蒂特。
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