故事舞台發生在未來的日本東京，日本政府為了應對「NOISE」造成的災害，編列了「特異災害對策激動部二課」，該部門的前身就是在二次世界大戰時舊陸軍所組織的特務室「風鳴機關」。雖然它也與一般所知的一課同樣，是為了防止災害擴大並且善後災害所設置的單位，但唯一不同的是二課擁有「Symphogear 系統（シンフォギアシステム）」。就在不為人知之時有兩位少女正在為了保護人們而戰，她們同時也是當時流行樂壇的雙人組合：「天羽奏」與「風鳴翼」。
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