故事中主角松風天馬及雷門足球社的夥伴們，參加了 Holy Road 的競賽，在進行決定中學足球第一名賽事的同時，暗中也進行著決定下一屆聖帝的大會，但無視於勝敗命令的雷門足球社，用盡全力的在進行比賽。而在本次的電影作品中，雷門足球社收到了必需參加強化合宿的命令……。
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天馬等人於是被帶到了一個被自然包圍著的神秘島嶼，而其實這裡是一個能能夠產生種子選手的島－－「神之伊甸（ゴッドエデン）」。出現在他們面前的，就是有著「究極之光」與「究極之闇」的球隊，無限光明隊與遠古黑暗隊，面對強大的敵人，雷門足球社將全力迎戰……。
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