《新世紀福音戰士》的故事是發生在現代至近未來期間。西元 2000 年，由於南極落下一顆大質量的隕石，導致地球發生了一場史稱「第二次衝擊」的大浩劫。海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰不斷……地球上的人口亦因此由五十餘億銳減為二十餘億。然而，人類並未從此一蹶不振。五年後，人類社會有了復甦的跡象。但就在這時，被稱作「使徒」的神祕敵人來襲。三名少年少女，被選為巨大兵器「EVANGELION」的駕駛員。為了守護浩劫餘生的人類，即使三人內心不斷地迷惘、糾葛、懷疑、恐懼，仍然踏上了與使徒作戰的道路。
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將於 11 月推出的第 13 集，為貞本老師睽違兩年的最新力作。在上一集的故事當中，親手殺死了第五適任者，亦即最後的使徒「渚薰」的真嗣，精神上受到了相當嚴重的打擊。而原以為成功剿滅了所有使徒，人類的和平即將來臨時，沒想到 SEELE 竟入侵了 NERV 的超級電腦 MAGI，同時派遣戰略自衛隊及量產型 EVA 系列，企圖攻占 NERV 總部。在真嗣退縮不已，EVA 初號機行動又受限的狀況下，明日香只好獨自駕駛著 EVA 貳號機，與九架強悍的 EVA 系列對峙……。
