在上集《馬達加斯加2》的結尾，幸虧借助猩猩們的巧手，破爛不堪的企鵝飛機再度升空，順利將猩猩和企鵝們送到蒙第卡羅賭場，他們打算在那裡豪賭大撈一票。這次在《馬達加斯加 3：歐洲大圍捕》的開頭，這些猩猩和企鵝似乎在蒙第卡羅玩過頭，把他們在非洲的夥伴完全拋在腦後，於是這些等不耐煩的動物園動物決定自行離開非洲，然後在地中海以情報探員的架勢登場，他們的第一階段任務是「企鵝撤出行動」，計劃很簡單，就是直接進入賭場帶走企鵝幫，套用愛力獅的話就是：「乘坐猴子超級飛機叫他們帶我們回紐約。」
然而，情況並沒有聽起來這麼簡單。一進入賭場，愛力獅、長頸男、馬蹄和河馬莉就出洋相把場面鬧大，沒多久，他們就落難被一個可怕的動物管制局女官員狂追，於是展開了逃亡生涯。
