遊戲故事以前作20年後的世界為舞台，當時地球由於曾遭逢一場毀滅性的災難，而使一切又必須再度除新開始。而統領世界的，則是由幾個宗教與團體所共同組成的聯合政權。但由於生物迴路失控而導致這些半生物半機械的怪物瘋狂攻擊人類。因此玩家所扮演的主角為了找出混亂的真相，達成任務使命而向這些變種生物進行挑戰。
另外遊戲中玩家可以從男、女兩名主角中進行選擇來玩遊戲，而且隨玩家選擇的主角不同，遊戲故事也會有所改變。
多平台2002-11-15 17:18
「Deus Ex 2」重新跨平台推出（GNN 記者 報導）
