出過多平台的軍武娘戰略遊戲《萌萌大戰爭☆現代版》為老牌戰略遊戲廠商System Soft 所製作的新系列。在純賣萌的美少女遊戲外皮下，卻蘊藏著極為硬派與考據之軍武戰略的底子：這篇主要以PS3版的++為主，深入遊戲的故事設定，對於世界觀與劇情做介紹：
本篇介紹PS3版追加、遊戲最終劇情「第三次世界大戰」。
流亡
銜接越南戰線結尾，就在穿越時空的グラーフ（F-15）等四人回到現代後，才剛因為確定回到21世紀初的美軍沖繩基地感到高興時…突然警報聲響起、兩架美軍常規F-15迅速升空作戰，卻不到幾秒就遭擊墜。說時遲那時快，數架俄制軍機自上空呼嘯而過，投下了大量炸彈，包含嘉手納基地在內的整個沖繩陷入火海。グラーフ簡直不敢相信眼前的這一切…
看著對方不分軍民的無差別屠殺、運載難民的直升機全部被摧毀，グラーフ等人顧不得自己才剛打完越戰筋疲力竭，而硬著頭皮與入侵的蘇聯軍作戰。想當然的不是對手，即將彈切之餘遇上了從東京撤退的隊友們，兩軍合流後便從重重包圍下殺出一條血路，帶著日本首相（タロー）越過太平洋逃自珍珠港基地。
西元20XX年，在中蘇聯軍第二波全面攻勢下，日本滅亡。
另一方面，中東地區亦發生了大規模吞併戰，最不愛打仗的海珊總統（サーセン）憑藉著蘇聯支援而迅速強大起來，將自己塑造成伊斯蘭世界的救世主，幾乎殲滅了所有親美的中東國家，留下如風中殘燭般的以色列繼續死撐；同時又傳言蘇聯似乎在古巴屯有重兵準備赤化美國。
安置好日本流亡政府、並將麾下軍武娘兵團重新整備完成後，指揮官史密斯（スミス）奉美軍方之命，將部隊分成三個軍團同時作戰；第一軍團長パトリシア（M48巴頓戰車）支援以色列、第二軍團長ブランシュ（F-4幽靈II）前往古巴探究竟、第三軍團由史密斯親自帶領，目標奪回日本。
為了應付這次大戰，史密斯取得了新誕生的軍武娘，分別為アメリア（F-22猛禽）、カレン（朱姆沃爾特級驅逐艦）、しんちゃん（心神）。
中東
就在以色列首都耶路撒冷即將失守時，史密斯的第一後宮軍團即時趕到。リオン（幼獅戰機）與エスト（幻象F1）姐妹倆又能再一次的並肩作戰；結果導致當下局勢逆轉，伊拉克軍遭到前後夾擊而被殲滅，殘兵敗將狼狽逃回本國，指揮官パトリシア下命乘勝追擊，使得蘇聯與伊拉克的聯軍節節敗退，盟軍團團圍住巴格達，要求伊拉克別做無謂的抵抗。
「聽好了！共產主義的可悲蟲子們，老娘是所向無敵的美軍指揮官パトリシア！」
「快點卑躬屈膝爬出來投降，俺也許可以大發慈悲饒妳們一條狗命！哇哈哈哈哈－－！」
想當然沒人願意投降，パトリシア宣告發動總攻擊，讓對面這群婊養的為她們的國犧牲…眼看大勢已去，最不愛打仗的海珊總統決議使用從蘇聯取得的核彈進行報復攻擊，可沒想到蘇聯提供的卻是假貨。且不用等到盟軍殺進去，蘇聯指揮官イリューシン（蘇愷27）直接窩裡反射殺海珊，揚長而去…雖然不知道蘇聯心中究竟在打什麼算盤，但至少以色列守住了、且連帶阻止蘇聯繼續向西赤化的野心。
古巴
海權時代成為殖民地的古巴，在美西戰爭後割讓給美國，1952年由美國扶植的巴蒂斯塔政變成功，在當地進行恐怖獨裁；1959年由卡斯楚領導的共產黨發動革命，古巴至此正式建國獨立，1962年因與蘇聯建交並將核彈放置於此，美國備感威脅而爆發「飛彈危機」事件。
駐古巴的蘇聯軍指揮官ソロヴィ（蘇愷47）察覺到史密斯第二後宮部隊的進逼，雙方在外海發生第一次衝突，蘇聯節節敗退至首都哈瓦那，並回過頭來挾持古巴元首以試圖脫身逃回蘇聯。
這場戰鬥中，蘇聯派出如リディア（PAK-FA）及オリガ（活躍級驅逐艦）等新製軍武娘，其強大戰力讓盟軍印象深刻；尤其是リディア的空中超絕機動性，除アメリア外全盟軍無人可以跟上她的行動。
事後古巴政府（カリオストロ）表示自己當時是被蘇聯逼迫，而並非出於自願。古巴雖是共產社會，但並不希望與任何國家造成紛爭；同時古巴亦遵守國際法，尊重不同國家的制度與主權，絕不會做出威脅他國國家主權與人民生命安危的事情來。
日本
第三軍團由史密斯親自指揮，在艦隊自珍珠港前往日本的途中，回憶起當年二次大戰似乎也有相同的場景，只是那時的美國與日本敵對，沒想到現在卻是去拯救日本。在航行的途中，也與日製軍武娘飛鳥（蒼龍級潛艦）談到關於當年神風特攻隊的一些歷史事跡，以及美國海軍對他們的評價等等…說著說著突然警報響起，中蘇聯軍已進逼史密斯旗艦，全員進入備戰狀態。
根據情報，中國解放軍在這次東征共派出三支艦隊：第一艦隊自旅順出發，在北海到外海與蘇聯合流後入侵日本北方；第二艦隊自舟山出發，秒了台灣、輾過尖閣諸島與琉球群島，一路往北吞併了南日本；第三艦隊自海南出發，如鄭和下西洋般向東南亞各國前進…而佔領日本後由於反日情結與復仇主義高漲，對日本本土人民進行暴虐無道的殘酷對待，使得日本在中蘇聯軍的管理下成為人間煉獄。為了解救自己的同胞脫離苦海，日美軍武娘個個士氣高昂。
兩軍在接近日本近海時爆發戰鬥，しんちゃん見到中國軍武娘ヤン（殲7）便迅速衝上前拔起武士刀亂揮一陣；雖兩者擁有不小的性能差異，但戰場歷練較豐富的ヤン仍就差一點將初心者しんちゃん擊墜（所幸在隊友的提醒下並沒讓對方得逞）。詭異的是，如同之前的古巴與伊拉克般，蘇聯很明顯並沒有認真應戰…最後，蘇聯軍武娘マールシャル（光榮極巡洋艦）下達了來自指揮官的命令：全軍撤退。
當蘇聯突然傳出撤軍的消息時，不僅駐日中國軍整個陣腳大亂，就連日本境內各處亦爆發了大規模叛亂。事實上，中國原本就無消滅日本之意圖，純粹只因共同利害關係才以援軍身分支援蘇聯，結果事件的始作俑者竟然半途烙跑，留下錯愕的中國軍獨自面對這個爛攤子。雖然感覺自己根本是被欺騙，但指揮官レン（98式戰車）卻決議堅守到底。
「求求妳，レン！拜託不要再反抗了，這場戰爭根本沒有意義，妳們不也是受害者嗎？」
「妳說得沒有錯，紅零…我也不想打這種沒意義的戰爭，但我已經無法回頭了。」
「身為鋼之乙女的我，本來就要順從黨的意志、效命於製造自己的國家民族與領導者。」
「我要為國家負責、為被我殺死的日本無辜軍民負責、為陣亡的解放軍同袍負責…」
「要說沒意義…以前就很想問，為什麼我要被製造出來做為殺人兵器…」
「多說無益…紅零，快動手打倒我這侵略者，解救妳們的國家吧！」
日本軍武娘紅零（90式戰車）與レン是舊識，並不想對其兵刃相向；但對於レン而言，指揮官必須要負起該有的責任，現在不僅對外打不贏日美聯軍，對內又無法要求屬下冷靜不對無辜日本人民動武，她認為自己是個失敗的指揮官。如果紅零真當她是朋友，就請賜死於她，保住身為指揮官的最後一絲尊嚴，並對無數冤死的日本百姓有所交代。
最後東京攻防戰勝利，史密斯接引流亡政府返回東京，駐日解放軍全數投降，日本光復。
レン與ヤン兩位軍武娘皆被活捉，史密斯下了一道命令「治療她們」同時強烈請求日美官方「善待投降的駐日解放軍，且不要對中國追討任何政治與軍事上的戰後責任」兩位不會爆炸的軍武娘聞此，感動得流下淚水。
在日本宣布不對中國要求任何賠償的情況下，中國簽署了和平協定。接下來唯一的問題，就只剩下搞出這整個世界大戰的蘇聯了…
決戰
一通突如其來的挑釁電話，敲響美蘇兩大國最終決戰之警鐘。
「哈囉！盟軍的領導者你們好啊，這裏是北極，一群無辜的潛艇開始往下沉了呢－」
「啊啊好可憐怎麼辦呢？北極天氣這麼冷，他們會全部被凍死呢！」
「看本姑娘一砲炸他們個稀巴爛，這樣就不會冷死，而變成燒死了，哈哈哈哈！」
正如蘇聯軍武娘オリガ所言情況，美軍在北極的潛艦全被蘇聯擊沉；同時各處亦傳來緊急電報，表示美國海外艦隊全遭消滅，同時蘇聯軍武娘大軍正往阿拉斯加殺過來。事態緊急，史密斯立即趕往阿拉斯加基地，兩軍發生激烈戰鬥，雖然蘇聯軍武娘最後全滅，但史密斯的後宮兵團也是元氣大傷，短期內恢復戰力幾乎不可能。
然而，眼前局勢卻也由不得史密斯不可能…蘇聯元首（ウラジミール）與軍武娘指揮官イリューシン共同出現於螢光幕前，向美國發表宣戰演說，同一時刻美國各地莫名其妙出現大爆炸，導致大半美軍幾乎癱瘓。依照イリューシン的說法，之所以慫恿伊拉克、古巴、中國發動攻擊，就是故意要讓各國軍武娘疲於奔命；同時溫存充足戰力的蘇聯，就可以趁機發動作戰。
「我們量產了許多鋼之乙女，並成功的讓她們混入人群中，一聲令下隨時能引爆。」
被稱為「鋼之乙女」的強力武器，雖由人類親手所製造，但人類其實卻不信任她們；她們不僅在戰場擁有常規武器難以匹敵的戰鬥力，一旦卸甲，便又與一般的女孩子完全沒有差異。如今蘇聯確實做出了人類最害怕的事情：將鋼之乙女混雜在普通人群之中，聽從獨裁者的指示，隨時為領導者的野心而犧牲。這種戰術防不勝防，實質上比核彈血洗還要恐怖。
史密斯之所以與其他指揮官不同、能得到軍武娘信任，就是因為只有史密斯把她們當人看。
美國表示將對蘇聯回擊，但並不會動用核彈海淹對方。因為美國總統不只是一國元首，更是世界的元首，必須要為全世界的人類負責；他也告訴史密斯，軍武娘並不被人類所信任，她們其實是威脅人類性命安危的存在，希望史密斯身為盟軍的軍武娘總指揮，也應該「為軍武娘的所做所為負起責任」，如同美國為人類負責一樣。
盟軍以一般常規兵器與蘇聯軍武娘大軍開戰，戰爭幾乎變得一面倒。史密斯臨時加派戰損較少的パトリシア與ブランシュ前往支援，雖然兩位越戰少女並不是蘇聯新銳科技的對手，但仍成功爭取到史密斯鋼鐵後宮全體整備妥善之時間。史密斯眼看國難當前，無視各國不信任軍武娘的消極態度，以最短時間將所有嚴重戰損的軍武娘整備完成，迅速投入戰局。
「姐妹們，這是真正的最後一場戰鬥了！」
當人類只把軍武娘視為兵器之時，軍武娘卻是繼續效忠與保護著人類；蘇聯大舉登上美國領土，雙方打了一場空前慘烈的戰爭，在一陣槍林彈雨和砲聲隆隆下，只見雙方軍武娘殘骸散落滿地，屍橫遍野、堆積如山、漫天瀰漫煙霧幾乎快遮蔽了陽光…盟軍軍武娘自知打完就等著被人類冰凍或拆解、蘇聯軍武娘自知打輸等著被祖國扔進焚化爐融成鐵屑，彼此都是完全沒有退路的最後一戰！膠著的戰局最後逐漸分出勝負，蘇聯開始敗退，指揮官イリューシン眼看大勢已去，以身上埋藏的核彈頭進行特攻，卻遭到宿敵グラーフ的空中攔截而未能得逞。
「可惡、放開我！你、你們是！？」
「必殺－－－－鐵拳－－－－－－－！！！」
「大、日、本、拳！」
「嗚喔」
史密斯後宮兵團不僅苦戰後殲滅了蘇聯軍武娘大軍，甚至還成功的活捉了蘇聯元首；此人一上旗艦立刻被美日兩國領導者各毆一拳而擊暈。最後對外宣稱美日同盟拯救世界（當然軍武娘的貢獻並沒有被提及），蘇聯解體，第三次世界大戰就此結束。
地點位於戰後重建中的日本，這天正是櫻花盛開的日子，除了盟軍軍武娘外、史密斯亦邀請在大戰中被摧毀的蘇聯軍武娘，以及投降日本尚未被遣返中國的中國軍武娘入席。雖然兩方戰場殺破頭的記憶仍然猶新，但現在既然戰爭已經結束，就沒有繼續敵對的必要。
現在，她們就跟普通的女孩子相同，在櫻花樹下唱歌跳舞、盡情嬉鬧。史密斯心中暗自發誓：守護眼前所見一切，讓這個歡笑能夠永遠存在。
結語
人類表示：「鋼之乙女並不信任人類，她們強大力量只是危害和平的殺人兵器！」
軍武娘表示：「雖然現在是敵人，但希望戰爭結束後大家能一起賞櫻，我們約好了喔！」
一切盡在不言中…
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