清政權入關後，受中原倫理觀念影響，對皇室的近親婚配和亂倫婚配逐漸限制。
康熙朝規定：閱選秀女時，秀女中屬後族近支或母族屬愛新覺羅之女的，應當予以聲明。嘉慶朝規定：挑選秀女時，屬皇后、皇貴妃、妃嬪親姐妹的，加恩不予挑選。規定歸規定，實際上近親婚配和亂倫婚配依然存在。順治帝娶一等侍衛佟國維的姐姐佟佳氏為妻，佟佳氏所生第三子即康熙帝玄燁，她後被尊為孝康章皇后。後來，康熙帝娶佟國維的女兒為妻，她就是孝懿仁皇后；孝懿仁皇后的一個妹妹也嫁給了康熙帝，後被尊為惇怡皇貴妃。
這就是說，康熙帝娶了兩個同父表妹為妻。佟國維對於康熙帝來說，既是親舅舅，又是岳父大人。到了晚清，光緒帝同時娶原任侍郎長敘的兩個女兒他他拉氏為妻，姐妹倆分別被封為瑾嬪和珍嬪。此類現象還有不少，上述僅是其中兩例。
女真(滿族前身)初興時期僅三萬人，蒙古則有四十萬鐵騎。弱小的滿族要實現擴張雄心，奉行滿蒙聯姻，不失為高明之舉。金國大汗、大清國皇帝、王、貝勒等貴族娶蒙古女子為妻，又將自己的女兒嫁給蒙古王子王孫，其間夾雜著嚴重的近親婚配甚至亂倫婚配，如此相襲，親上加親，有的因姑侄同嫁一人，親到了扯不清倫理的地步。滿蒙聯姻的結果，帶來了滅亡明朝、入主中原的輝煌勝利，同時，近親和亂倫婚配又伏下了滿洲皇族毀滅的因子。
綜觀清代皇帝，總體上越到後來生育能力越差，所生子女早夭比例越高。
開國皇帝皇太極(崇德帝)，享年五十一週歲，可查的有名分的后妃十五位，僅以此十五位后妃為計算依據，她們和皇太極生了十一個兒子、十四個女兒。十一個兒子中長到十六虛歲以上的成人共七位，四個早夭；十四個女兒中十三位長到十六歲以上，只有一位十五歲死去，子女早夭的比例為20%。
第二位皇帝福臨(順治帝)，患天花而死，終年二十四週歲還差一個月，可謂短命，但娶了有名分或生有子女的后妃共十八位，生育子女數量不少，共八個兒子、六個女兒。可能與其近親結婚和亂倫婚配有關，其中四個兒子早夭，六個女兒中超過十六歲的四人，但只有一個女兒出嫁，其餘都在未出嫁前就夭折了，子女早夭比例為43%。
第三位皇帝玄燁(康熙帝)，享年六十八周歲，據不完全統計，生前擁有後、妃、嬪五十五位，共生了三十五個兒子、二十個女兒，其中長大成人，封有爵位的兒子十二人，長到十六虛歲以上的女兒八人，子女早夭折的比例為51%。
接下來幾位皇帝生育能力有所下降，但不算太弱。第四位皇帝胤禛(雍正帝)，享年五十六周歲，自稱“清心寡欲，自幼性情不好聲色。即位以後，宮人甚少。”據《清史稿》記載，他娶有后妃七人，共生了十個兒子、四個女兒。第五位皇帝弘歷(乾隆帝)，享年八十七周歲，生前冊立的後、妃、嬪共三十一位，生有十七個兒子、十個女兒。第六位皇帝顒琰(嘉慶帝)，享年五十九周歲，共有後、妃、嬪十四位，但只生了五個兒子、九個女兒。其中，長子只活了三個來月，未取名就死去；七個女兒未成年早殤，出嫁的皇三女和皇四女也很短命，分別於三十一歲和二十八歲時死去。兒女的早夭比例高達57%。
第七位皇帝旻寧(道光帝)，享年六十七周歲，有名分的后妃二十位，共生了九個兒子、十個女兒，第二、三子嬰兒時就死了，十個女兒中只有五個女兒長大成人，其中最長壽的一位僅活到三十四虛歲，其他四位二十齣頭都相繼夭折，子女早夭比例高達37%。而且，論醫學條件，道光時代要比皇太極時代好得多，皇太極常帶著妻子和兒女浴血征戰，有時連性命都難保，根本談不上優越的生育條件和醫療保健；道光帝旻寧則是拉開架勢當皇帝的，后妃的生育保健與兒女的醫療條件絕對天下一流，但與先祖開國皇帝皇太極相比，所生子女數量要少得多，子女早夭比例則要高得多。
第八位皇帝奕(zhu)(咸豐帝)，一生風流成性，有名分的后妃十九人，卻只生了兩個兒子、一個女兒，大兒子出生不久來不及取名就死了，女兒僅活到二十虛歲，倖存的兒子就是後來的同治帝。
咸豐帝的生育能力還不是最糟糕的，其後同治帝載淳、光緒帝載湉、宣統帝溥儀，接連三位皇帝均未生育子女。愛新覺羅皇族代表人物的生育能力，如同他們崇尚的武功那樣徹底廢了。
就光緒帝而言，由於當傀儡皇帝，政治抱負得不到施展，婚姻又非常不幸，一生“未嘗一日展容舒氣也”，身心受到嚴重摧殘，加之受祖輩近親婚配和亂倫婚配的影響，身體很差，遺有遺精、頭痛、癆症、脊骨痛等多種疾病。尤其是長期所患的遺精病，是他喪失生育能力的重要原因。光緒三十三年(1907年)，也就是光緒帝死前一年，他曾親自探究並寫下自己的病原：“遺精之病將二十年，前數年每月必發十數次，近數年每月不過二三次，且有無夢不舉即自遺泄之時，冬天較甚。近數年遺泄較少者，並非漸愈，乃係腎經虧損太甚，無力發泄之故。”光緒帝生於同治十年六月(1871年8月)，寫病原時三十六周歲，這就是說，他從十五六歲青春發育期起就患了遺精之病，每月多達十幾次。三十歲出頭，便到了幾乎無精可泄的地步。患有如此要命的疾病，無論怎樣刻意播撒龍種也就成了徒勞。光緒帝能將如此超級隱私寫出來是很有勇氣的。同治帝、宣統帝也都未生育龍子鳳女，是不是也有此類超級隱私呢？
封建時代，皇帝絕後不僅是皇族的不幸，也是整個國家的不幸，常常因此引發政治災難。載漪、榮祿之輩，正是鑽了光緒帝絕後這個空子，夥同慈禧太后立溥儀、廢光緒，惹起一大堆政治麻煩的。
三朝皇帝連續絕後，大清國一派末世徵兆。就在這股子灰暗晦氣之中，曾經輝煌於世的封建王朝急劇走向衰敗。
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