配合《神奇寶貝X.Y版》的發售，《神奇寶貝特別篇》日前於月刊《CoroCoro Ichban！》上開始連載第十二章「X.Y篇」了。
本次的男主角為エックス，在過去，他曾經是神奇寶貝兒童盃大會的冠軍，然而數年過去了，他卻因為發生了一些事情造成陰影而窩在家裡不肯出門了。
本次的女主角ワイ則是一名天空訓練家，但在過去，她曾經是一名鐵甲犀牛騎師。 エックス窩在家裡後，她並每天和其他好友們一同到エックス家外面想把他叫出來。
某天，卡洛斯地區的傳說神奇寶貝ゼルネアス和イベルタル因為不明原因暴走了，來到鎮上大亂，連帶引起反派フレア隊開始行動了，他們甚至還策劃要搶奪エックス手上的百萬環，因為他們知道百萬環隱藏的力量，不過エックス並不知道。
最後他們雖然靠エックス意外「百萬進化」的袋龍擊退了反派，但エックス的家也被毀之殆盡了，エックス只好同ワイ以及其他好友サナ、トロバ、ティエルノ，一同踏上尋找在這場混亂中遺失的物品、以及調查反派陰謀的旅程......
除了新開的第十二章連載，第十章「黑.白篇」及第十一章「黑2.白2篇」亦正在進行中，目前日本單行本出至第十章47集，預計十一月將推出48集。台灣則在連載第九章「心金.魂銀篇」，預計明年初將推出41集。
若是算進エックス與ワイ，《神奇寶貝特別篇》目前已有十九位主角。
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