1601年(慶長6年)，島津忠恒(家久)下令築城。選定的地點為四神相應之地(東有棈木川、西為出水筋、南臨錦江灣、北倚城山)。由於前年發生的「關原之戰」期間，隸屬於西軍的薩摩國島津氏最終敗北，做為為此負起責任引退的島津義弘的接任者，由義弘的親生子(後被義弘之兄義久認為婿養子)的忠恒(家久)擔任新當主，為了作為應對率領東軍得勝的德川家康威脅的對抗手段，開始構建取代內城的鶴丸城，1604年(慶長9年)完工。
然而忠恒(家久)的親生父親義弘認為「建造地點過於靠近海岸，對於防禦方面會有很大問題」，因此自始至終反對建造。不過由於家康並未實施薩摩征伐作戰，而是允許薩摩藩以「外様大名」的形式存續，因此鶴丸城並未真正面臨實戰。然而過了數百年後，幕末發生的「薩英戰爭」卻讓過去義弘擔心的部分化為現實～英國軍艦對奥御殿發射的多發砲彈，帶來了極大的威脅。不過也由於建物外觀十分樸素，也曾讓英國軍艦誤認寺廟為天守而發動砲擊。
鹿兒島地區屬於災害多發地域，此外由於地理位置關係常有白蟻損害，加上數次遭遇火災燒毀或倒塌，因此建造維修工作可說是交替進行。1874年(明治7年)燒毀之後，並未再造。
1901年以後，城址作為第七高等學校造士館的校地使用。二次大戰結束後，先後興建包括鹿兒島縣立大學醫學部、國立鹿兒島大學醫學部基礎教室等建築。目前本丸所在地建有鹿兒島縣歷史資料中心黎明館，二之丸跡則有鹿兒島縣立圖書館、鹿兒島市立美術館、鹿兒島縣立博物館等建築，另矗立一座幕末英傑「西鄉隆盛」的雕像。
2006年(平成18年)4月6日，選定為日本100名城No.97。
看到白蟻就瘋狂尖叫的城娘....
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