前往原始宇宙
2000年前，女神討伐隊正在討論戰略，Archer寶具的本質是看穿對手真心的能力，不論是怎麼樣的對手都可以找出隱藏起來的弱點，但是因為她自己本身不強也沒有打倒對手的寶具，因此只有她自己一個人的話是沒有意義的寶具，所以他只能擔任斥侯（Scout）之類的工作，但是這個寶具卻讓打倒原始女神成為可能，她可以找出打倒她的方法，不過有沒有辦法實現則是另外的問題了，眾人決定使用的合體寶具，由西格魯德取名為：Star Four Card。
戰鬥過後，雖然已經將女神靈核破壞了，各從者的靈基也到了極限，原始女神也認輸了，但最後對眾人下了詛咒：在她再次甦醒前不能死亡。（也解釋為何西格魯德與簡存在了2000年之久）
回到現在，原始宇宙開始震動，原始女神也開始甦醒了，由於現在的蒼輝宇宙的乙太量比暗物質來的多很多，所以才會看起來是藍色的，但是現在我們所在的地方是50億年前的原始宇宙，也就是Master存在的前一個宇宙，這裡就是那個宇宙的殘骸，前方就是女神經典記載中古代神殿巴利．瑪安娜。伊斯塔問簡原始女神究竟會做什麼事情，簡則是說對原始女神來說是很單純的道理：＂對現在的新宇宙沒有興趣，她只愛著她的宇宙，因此要對奪走這些的人類展開復仇＂。伊斯塔則是由於這個想法完全不能認同，因為她喜歡新的東西、玩樂和享受，過去比較好的這種想法完全不能認同。
Primitive RedRose
柳生將阿斯塔蒂帶進古代神殿，這裡就是被稱為巴利．瑪安娜的古代聖殿，在這裡會將阿斯塔蒂變為祭品獻給女神，而非讓阿斯塔蒂成為完全的女神。阿斯塔蒂問柳生為何要扶養她？因為柳生說過如果是要成為原始女神的話伊斯塔的相性比較適合才對，即使知道這件事情還是選擇阿斯塔蒂？
柳生說要成為惡的總統，的確伊斯塔會比較適任吧，你的話太過認真了，不過這些事情並不重要，在時臣的房子發現你的時候還是被封印的嬰兒，那份側臉看起來非常認真，長大後想必會成為了不起的劍士吧！當初的我是這麼想的，而且就事實來說妳也成為了比我更了不起的劍士，跟這份喜悅比起來的話其他事都不重要了。阿斯塔蒂感謝柳生選擇了她－沒被人類選上而認為不需要的她，並表示就把這條命給柳生吧。
眾人此時也來到祭壇，看見柳生將阿斯塔蒂放在祭壇上，過不久2000年前的原始女神：阿斯塔蒂．本源（origin）會以阿斯塔蒂的靈核復甦，接著只要吸收伊斯塔，由Master維持她的現界就可以了。
一陣激戰後打倒柳生後，雖然是報了殺父之仇但伊斯塔卻沒有開心的感覺，此時神殿的祭壇將阿斯塔蒂吞沒進去，由於伊斯塔和簡都不能靠近祭壇，所以GD衝了進去將阿斯塔蒂用公主抱拉了出來，眾人要離開之際阿斯塔蒂只說為時已晚，巴利．瑪安娜已經要出現了，原始女神也已經開始復活了。伊斯塔無法理解她說的話，阿斯塔蒂說他們是和原始女神不同的存在，當她在祭壇沉睡時知道了，他們是肉體與魂魄的關係，在這個宇宙沉睡的只有被人類打倒的肉體，而他們倆人是被人類打倒前分離的心臟－也就是魂魄，失去魂魄的原始女神靈基消散看起來雖然是消滅了，但是神即使沒有心臟也可以活著，也就是說這個原始宇宙本身就是女神，由於身為女神靈核（心臟）的兩人到來，肉體也開始漸漸聚集起來了。
此時女神阿斯塔蒂．本源的聲音響起：對神來說心臟也只是一個零件而已，但因為心臟的鼓動讓肉體甦醒了。
眾人雖然想要偷襲但沒有成功，此時除了女神以外，背後還出現了巨大的伊斯塔，在原始宇宙中神殿就是神的姿態，管理宇宙、燒毀文明、守護生命，而這就是原始女神的證明：女神神殿，巴利．瑪安娜。融合了靈核之後就可以擴展成完全的宇宙－赤色荒野原始宇宙，唯有讚頌她才得以生存的伊甸園。
伊斯塔拒絕本源後眾人展開戰鬥，不過攻擊卻完全沒有用，因為這就是向對宇宙攻擊一般，原始女神並非擁有銀河級魔力的女神，而是有女神形象的銀河生命，只是看起來有人類的形象而已，而這個原始宇宙是女神的殘骸，也就是說這個原始宇宙就是她的本體，就像是星雲也只是看起來集合在一起而已，要打倒她的話就需要相對應銀河般的火力。
阿斯塔蒂認為自己身為惡的女神半身從一開始就沒有存在的意義，注定要在這裡消逝，因此她在這裡阻擋，其他人就趁現在逃走吧，雖然蒼輝銀河的毀滅也是這裡的因果，但GD只是被帶來的異邦人，不需要喪命於此。
看見連阿斯塔蒂都站在人類的那邊，一怒之下的原初女神使用寶具攻擊眾人…
如果沒有看完女神經典的話會因為原始女神的攻擊進入Bad End，此時GD子會被送進死亡的世界之中看見X-alter，在那裏X-alter將GD傳送回稍早的時間，要你蒐集完全部的女神經典之後，找出從中的勝利的關鍵，只要告訴她真正的事實，想必她會選擇正確的道路吧。
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