故事從在美國核試爆地點附近活動的漁船、榮光丸沉沒，後續兩艘救援船也遇難開始。
接著是有海島居民在颱風期間目擊巨大生物、連救難直升機也遭到怪力摧毀的報告。
於是日本政府決定組成調查團。由此帶出了山根博士、博士的女兒惠美子、
惠美子私下交往的男友－水下打撈隊的尾形、惠美子的未婚夫芹澤博士。
哥吉拉在前三分之一都只被捕捉到部分身體，腳、腳印、尾巴、頭，充滿懸疑感，
而在山根博士率領的調查團證實哥吉拉存在後，立刻來了一段國會內的辯論。
男性立委與官員們主張隱匿消息，找到對策前不公布；與記者團體同聲一氣
的女性少數立委則主張如實向社會公開，就此展開激辯，而山根博士則是
應要求發表完哥吉拉相關證詞後，一臉無奈地靜靜看著雙方的激辯。
稍後，山根博士回到自宅，對女兒講出自己的心聲：
既然是能夠在核爆下生存的生物，一定有研究價值，為什麼大家只想著消滅牠呢?
而惠美子的心聲是根本沒在聽：
爸爸指定的芹澤博士雖然是著名科學家兼英雄般的歸國軍人，
也是從小相處如同哥哥般的好人，可是尾形先生跟我已經暗地交往很久，
到底要怎麼開口?
受惠美子邀請作客的尾形此時相當白目地向未來岳父提出自己的看法：
哥吉拉造成巨大破壞，必須消滅!
於是被山根博士當場翻臉轟出去。
在與尾形商量後，惠美子決定獨自向芹澤博士表明，自己早已心有所屬－
就是說，芹澤被NTR了，並且希望由他向父親解除婚約。
親歷二戰並見證了戰爭可怕，失去一眼而戴著眼罩的芹澤博士，
正著手神秘的重大研究，惠美子拜訪時他剛應付完來打探消息的記者，
基於苦悶，他向妹妹般的惠美子透漏他不為人知的祕密研究：
書生外表藏不住霸氣外漏的芹澤大助博士。
已經達到實用階段，萬物皆殺的氧氣破壞裝置
(結合平成最後一集的<恐龍帝國>與本片的影片表現，可推斷是以化學手段
強制氧化一切有機物的設備，空科戰也是如此假設進行推論)
(雖然最後推論出來的是芹澤其實可以一拳擊殺哥吉拉)
深知人性醜惡與戰爭殘酷的芹澤，深怕此一發明曝光恐會被利用於軍事，
嚴正告誡惠美子不可向任何人透漏。
他激動地說：
這是唯一可以徹底殺死哥吉拉的東西，但破壞力太大，所以...
直到我找出這東西的和平用途，否則不可能公布!
僅只出現一次的對哥吉拉最終兵器
惠美子同時被氧氣破壞裝置蝕化生物的威力與豹變的芹澤嚇得逃回家，
完全忘記自己原本要幹嘛。
不久，哥吉拉的身影出現在東京人的眼中，引發社會恐慌，剛成立不久的海上自衛隊
懷抱國家自信發起攻擊。全滅。
海自的攻擊失敗後，哥吉拉從品川登陸了。
東京陷入一片火海，陸自傾全力無法傷其分毫。
而一群為了取得最佳位置而登上東京鐵塔轉播的記者，直到最後一刻也克盡職責
"記者在此為您現場報導，哥吉拉正在破壞......朝東京鐵塔來了! 已經來不及逃了!"
"哥吉拉開始攻擊記者所在位置，這應該是最後的播報了，各位要平安、保重!"
"呃啊啊啊啊啊啊－"
還特地給了記者從鐵塔上墜落的第一人稱視角。
堪稱影史最可歌可泣的記者們。
在東京成為廢墟後，參與救難的惠美子目睹民眾死傷，終於受不了良心苛責，
向尾形說出芹澤的研究。
然後兩個人就手牽手跑去芹澤家。真的很過分好吧。
被NTR的男人面對情敵與婚約對象，要求將他的研究提供給政府，當然是拒絕。
尾形氣不過芹澤的冷漠，一拳揮去，想不到幾個回合就被獨眼龍科學家芹澤KO
(都已經被NTR了還要被打，啊不就幸好打贏...)
但全國廣播的祈禱歌聲成為壓垮芹澤決心的最後一根稻草。
既然是立志造福世界的科學家，此時不出手，大概再也沒機會出手吧。
芹澤表示，氧破壞裝置可以用來對付哥吉拉，但只能用一次，保障手段就是由自己
親自操作，接著開始動手燒毀研究資料，絕不讓人利用他的發明為惡。
此時惠美子才意識到自己強迫芹澤毀掉畢生的研究成果，痛心哭倒在芹澤的研究室。
(這段鋪陳非常好，惠美子的哭聲與演出也確實讓人感受她的懊悔)
(只是，被NTR的芹澤何辜啊...)
終於來到最後的對決。
將東京化為火海，徹底擊垮日本國族信心的哥吉拉，大鬧一番後正在東京灣下沉睡。
打撈隊出身的尾形不願意潛水新手的芹澤獨自下水，硬跟了下去。
但畢竟芹澤才是發明者，因此尾形只能看著芹澤啟動裝置，就在他看見裝置順利發動，
通知水面任務完成，可以把他們兩人拉回船上時，芹澤拿出預藏的小刀，割掉自己的
水下氣管。
(當時的潛水裝備是全金屬，利用裝備重量下沉，從外接管線供應空氣)
(因此一旦割掉氣管就不可能靠自己回到岸上)
芹澤用生命封印了這個空前絕後的武器，就此與哥吉拉一起葬身東京灣。
一切告終時，水面上的山根博士則喃喃自語：
只要人們繼續進行核試爆，哥吉拉的同類們一定會再次出現...
此話要說是為續集鋪哽，不如說是部分遭受戰爭折磨的日本人心中的恐懼。
由於芹澤博士的作為，氧破壞裝置成為哥吉拉世界觀中，遠在核彈以上的傳奇武器。
這個角色也同樣成為了往後系列作偶爾會提到的，傳說中的英雄。
但也許因為不願意更動元祖設定吧，氧破壞裝置再也沒有出現在後續作品中。
只有芹澤帶著必死覺悟啟動裝置的片段散見於各集之中。
(怪獸之王中是否重現，由於鏡頭倉促且並未詳細說明，我是抱持懷疑)
另外，哥吉拉系列也沒有再出現這麼悲壯的三角關係...
昭和系列不必說，以成人感著稱的平成系列也不曾有。
順帶一提，作為元祖，本作並沒有出現強大的殺獸光線車、SUPER X系列
G對策中心之類的當然也是還沒發明/創立，更不用說各式機龍。
平心而論，雖然是整整六十六年前的作品，但還是很有可看性，
其中對人的描畫、對災難中絕望的描述，以及對核爆 / 巨大破壞力量的恐懼描寫，
也相當到位，主角到臨演們也都十分傑出。絕不是單純的怪獸電影，即使嘗試回歸元祖風格，
強調寫實感的平成系列，也只有恐龍帝國 (哥吉拉對戴斯特洛亞) 或大恐龍 (哥吉拉對碧歐蘭蒂)
具有堪比本片的深刻反省。
當人類得到了能與神比肩的毀滅力量，該怎麼使用呢?
如何將經歷毀滅的教訓傳達給下一世代?
哥吉拉無印在六十餘年前就給出了這些親身經驗產生的疑問。
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