襲擊反制科
特別襲擊應變隊
為反恐戰術應用室最精銳的單位
所有成員皆接受過黑水訓練中心培訓並結業
東部襲擊應變隊
由三大特種部隊(憲特涼山海陸特)的菁英組成
負責東部反恐，平時負責東部反恐戰時負責戰爭任務
高風險設施反襲擊科
主要功能為重要設施反突擊反破壞
核生化設施反襲擊隊
昆陽分隊
預醫所分隊
蘭嶼儲存場分隊
核能研究所分隊
能源設施反襲擊隊
核電中隊
核一分隊
核二分隊
核三分隊
火力中隊
林口分隊
台中分隊
大潭分隊
通霄分隊
南部分隊
協和分隊
尖山分組
望安分組
七美分組
塔山分隊
綠島分組
東引分組
蘭嶼分組
南竿分組
興達分隊
大林分隊
水力中隊
卓蘭發電廠分組
明湖分隊
明潭分隊（下轄北山、水里、鉅工、濁水分組）
大觀分組
曾文分組
桂山分隊（下轄烏來、翡翠、桂山、軟橋小粗坑分組）
石門分組
義興分組
大甲溪分隊（下轄德基、馬鞍、社寮、后里、青山、谷關、天輪、后里圳分組）
萬大分隊（下轄萬大、松林分組）
高屏分隊（下轄竹子門、土龍灣分組）
蘭陽分隊（下轄天送埤、圓山分組）
東部分隊（下轄碧海、立霧、龍溪、龍澗、水簾、銅門、榕樹、初英、清水、清流、溪口分組）
東興分組
海港設施反襲擊隊
基隆港分隊
台中港分隊
高雄港分隊
花蓮港分隊
台北港分隊
蘇澳港分隊
機場設施反襲擊隊
桃園分隊
松山分隊
清泉崗分隊
小港分隊
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