在經歷了和天頂星人的那場近乎導致人類滅亡的星間戰爭之後,倖存下來的人類和天頂星人彼此融合,開始了以種族延續為目的的銀河播種計劃,為尋求可居住的行星而不斷在銀河系中探尋新天地。
公元2059年,超長距離移民船團Macross Frontier,航行於銀河系中心附近。與Frontier臨近的第21移民船團Macross Galaxy上的偶像歌手雪露·諾姆為舉行演唱會來到Frontier。
少女蘭花·李在去演唱會途中邂逅作為飛行員候補生的早乙女阿爾特,三人的不期而遇,從此彼此的命運相互牽繫!
而在此時,Frontier遭遇不明敵人的強力攻擊,一次偶然的機會,早乙女阿爾特登上了一架VF-25……移民船團上的人們又將何去何從?新的Macross物語即將展開!