日美聯合反恐組織「防衛省中央調查部諜報2科分室」通稱CIRS（Central Intelligence and Research Second）在海上油井爆炸事件（《灰色的樂園》結局的希斯·奧斯羅事件）後因被公之於眾而重組為SORD（Social Ops,Research & Development）。
以培育國防人才為目的的SORD與全國各地的學校展開合作，廢校後被閒置的「美濱學園」被個人所收購，成為了「特殊技能訓練校」。
在校園中，因各種理由而失去了容身之地的少女們被授予武器。以國防的名義，她們被派遣執行一個又一個危險的任務。
「我們被賦予在世界上的容身之處。但僅僅那樣是不夠的，躲在別人的背後活著毫無意義。
所以要依靠自己的力量，為生存而戰鬥。只有倖存者才有活著的資格」
無論遭受何等苦難卻選擇拿起武器繼續戰鬥的少女們的未來是…
總體戰終於開始了。
與宗教組織TFA（The Fatal Answer）的戰爭迎來最終局面，CIRS和SORD將所有戰力派往要塞。
天空降下的黑雨、為了尋求水源而四處逃竄的平民、射向敵我雙方的子彈。
高射炮的砲火破壞了壕溝，熱浪有如噩夢般襲向少女們。
令人窒息的地下室、黑暗壟罩的森林、四處劇烈燃燒的生命之火。
僅僅只是想要活下去，連這樣的願望都無法實現嗎？
絕對不會再被奪走一切──。
「全員！ 裝備做最後確認！」
「就是這樣，我們已經無處可逃…」
「…殺了那個人也沒關係嗎？」
「那就笑吧，笑完再去死」
「感謝神啊！！ 我不會再放手了！！」
「戰爭就是人生…」
「白刃戰預備ーーーー！！！」
「…糟糕了！ 敵人一口氣衝進來了！！」
「你們所有人…精神都不正常…」
「…終於進入最高潮了…你要怎麼做呢？ 漆原縁…」
少女將手指扣上命運的扳機──。
「…為什麼你們…要戰鬥呢？」
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