1992年9月。
東京遭受名為『虛無』組織的總攻擊,這起被後人命名為『東京失落現象』的事件,是一切的開端……。
身為保育士的 織部碧 和孩子們一起逃離遭受破壞的東京,
然而她在途中一度失去意識,醒來後就沒看見孩子們的身影。
為了尋找他們,碧坐上了展示在博物館裡的人機・72式的駕駛位,
但它並沒有如自已所想的開始移動。
「難道……。下面的座位……!」
「沒錯,因為這傢伙是舊式的,光靠上面是動不了的。」
出現在那裡的是小河原両兵。他坐上72式下方的座位,成功啟動了72式。
碧原本以為這樣就可以去尋找孩子們,但他們很快就受到虛無的人機・伯戈爾的襲擊。
她沒有選擇的餘地,被迫捲入戰鬥中。
「如果你有想守護的事物……就用你自身的力量來守護吧!!」
雖然對自己所處的狀況感到困惑,但碧在聽到両兵的話語後,
下定決心投身於奪回東京的戰爭中……。