在經歷了間諜事件之後，《武裝突襲3》的劇情被徹底重新架構。主要島嶼利姆諾斯被改名為阿爾提斯，主人公變成了一名美軍下士凱里，他所屬的北約部隊在即將撤離由阿爾提斯國防軍控制的斯特拉提斯島島時遭到了國防軍的突然襲擊，殘存的北約士兵躲入森林，在一個誰也不知來歷的斯考特·米勒上校的領導下作戰。
在這一過程中，米勒以與北約部隊聯繫需要好的無線電設備的名義命令北約部隊控制了島上的Mike-26雷達站，隨後藉口設備損壞將其炸毀。
然而，不到一天之後米勒就又宣稱自己聯繫上了北約軍隊，希望以加緊活動的方式迎接北約出兵。但北約殘軍的抵抗最終導致了廣東協定同盟組織（CSAT）對斯特拉提斯島和阿爾提斯島的入侵，凱里和米勒乘船逃跑，遭到國防軍飛機空襲，船被炸毀，主人公不省人事。
醒來後凱里發現自己被衝到了阿爾提斯島的岸上，手中一無所有。他在米勒的引導下與當地的抵抗組織自由獨立聯盟（FIA）取得了聯繫。阿爾提斯島在這幾年中一直在經歷血腥的內戰，國防軍幾乎屠殺了自己人口的半數才穩定了局勢，而不承認現政府的自由獨立同盟則退居山林實施武裝鬥爭。
廣協同盟作為國防軍盟友的介入讓局勢更加險惡。凱里被要求協助抵抗軍進行活動，同時對抗廣協同盟和國防軍。
米勒的每次介入幾乎都讓抵抗組織的狀況惡化。抵抗軍在米勒的協調下前往斯特拉提斯島救出了抵抗組織的精神領尼科斯。
最終北約組織向阿爾提斯發動了反攻，誤擊了正在攻擊機場的抵抗組織力量，斯塔夫羅失蹤，米勒也同時失蹤。凱里幫美軍消除了誤會讓其停止攻擊抵抗組織，但隨後從上級那裡震驚地獲悉英國方面聲稱根本沒有斯考特·米勒上校這麼一個人。
北約部隊以美軍「第111師第4機械化旅級戰鬥隊」為主導向國防軍發動了進攻，凱里雖然不受美軍信任，但由於他是連接美軍和FIA間的紐帶，所以被要求跟抵抗組織和美軍一起執行任務。
美軍一路解放被國防軍控制的各地，同時還要應付廣協同盟的反攻。在此過程中島嶼不斷發生極其反常的地震現象，但沒人能解釋。在實行對國防軍殘部的最後一擊時，凱里收到了兩個截然不同的指令——他的上司命令他前去集合然後負責擔任前進觀察任務，而已經失蹤多日的米勒上校的副官詹姆斯上尉則要他前往一處地圖上什麼都沒標出的地方找他。
如果選擇服從上司命令，則最終美軍消滅了國防軍的殘部，國防軍徹底投降，危機結束。若選擇去尋找詹姆斯，則會發現一處隱藏的廣協同盟基地，地上是大片的廣協同盟軍人的屍體，奄奄一息的詹姆斯在囑咐凱里偷一輛卡車去找米勒之後便死去，凱里繼而在基地中發現了一個奇怪的研究設施和一輛卡車，顯然和之前幾日頻繁發生的地震有關。
凱里把卡車開到米勒那裡，米勒告訴他這輛車是觸發異常地震的關鍵，正在此時廣協同盟向阿爾提斯島發動大規模進攻，美軍部隊迅速全滅，廣協同盟和國防軍亦轉入敵對態勢。地震仍然在繼續發生。儘管米勒承諾要帶凱里撤走，但他最終拋棄了凱里並失蹤，凱里不得不在整座島嶼上搜尋交通工具以逃離阿爾提斯島。
LINE