修羅道
寬永寺裡，土御門已經降伏了Assassin與無主英靈，還有七位英靈不在控制之中。這次的盈月之儀除了有御主的七位英靈外，還需要最後一位降臨的高貴英靈才能完成。
隔天一早，正雪在伊織的長屋裡醒來，一醒來的正雪不顧身上的傷口就起身準備離開，伊織攔住了正雪要問出情報。伊織得知了土御門泰廣是這次儀式的見證人卻也是參加者，就向莊家下注自己的賭局，土御門自己編撰出了盈月，自然也利用了儀式的漏洞，而根據地就在幕府重地的寬永寺。
土御門身為皇室官家的陰陽師可以拉攏幕府，就是靠著"盈月是萬能的願望機"奉承幕府閣老才得以進行，幕府以要求土御門獻上盈月為條件而提供協助，土御門才得以利用江戶的靈脈完成儀式準備。現在土御門操縱幕府的御家人，在寬永寺監督儀式。
最後正雪要離去時，Saber問是不是正雪教唆Lancer綁架香耶，Saber雖然無法接受，但伊織決定先放正雪一馬，決定先前往寬永寺打倒土御門，香耶就在長屋負責照顧正雪，多羅蒂亞也決定協助伊織討伐土御門，同時命令異國部屬幫忙防守長屋，正雪見伊織離開後也跟著逃離長屋回到神田。
伊織與多羅蒂亞在寬永寺會合後，以多羅蒂亞身為魔術師的本領破除在寬永寺設下的結界，除了一路上的妖魔外，各無主英靈也出現阻撓，擊退無主Lancer與無主Rider後，出現的是長髮巨漢: 無主Berserker，此時武藏與太夫也來到戰場，多羅蒂亞透過那頭長髮與徒手攻擊的模式，推測出他的真名。
參孫，獲得神所賜予的力量，怪力無雙的鬥士，由於在西方是唯一神的信仰，神所賜予的強度也是幾乎無敵，但神給與力量的同時，條件是頭髮不能被刀刃切斷，因此只要砍斷頭髮就會失去力量，如記載聖經上的故事一樣，被所愛的人趁睡覺時割去頭髮，在死前還發狂破壞一切。
得知弱點的武藏決定協助太夫挑戰參孫，一輪激戰後，武藏以劍技逼退參孫，太夫則趁機在參孫背後掏出脇差，割去了參孫的長髮，面對失去不死之身的參孫，Saber把握機會以寶劍貫穿他的身體，躺在雨中的參孫望著心愛的太夫，回想起了生前的經歷，只是淡淡的對太夫說了聲: "無妨..."，便化為光消逝而去。
打倒參孫後，太夫感謝各位的幫忙，並告訴武藏接著他想怎麼做都行，太夫決定不靠盈月自己實現願望，就算不成為儀式的獲勝者也沒關係，同時也是讓武藏可以沒有後顧之憂的戰鬥，這也是太夫的心願。
突破了參孫與結界後，Assassin也隨著雷鳴出現，並解放了寶具: 化身. 伊吹大明神緣起。Assassin與大蛇化為一體成為巨怪追著多羅蒂亞往南而去。
此時伊織面對了兩個選擇: 前往寬永寺打倒元凶土御門，或是討伐解放寶具的Assassin。
1. 討伐土御門路線 (結局: 復仇火焰)
由於放著Assassin不管，Assassin殺了自己的御主後也會自取滅亡。伊織決定先去打倒土御門解放英靈，武藏則表示自己要去討伐蛇神。在路上的御徒町遇見了無主Saber，白衣武士並沒有被法術操控，無法想像身為惡鬼的Rider也會被控制，無主Saber說Rider是該被誅殺的惡鬼，但同時也是接近於神的存在，人類應該無法輕易控制。既然Rider成為傀儡，無主Saber也決定跟伊織一同前往寬永寺。
打破結界後進入了寬永寺，土御門出現在眾人面前，無主Saber此時不敵法術被土御門掌控，開始與伊織戰鬥了起來，Saber趁兩人交鍔之際砍斷了白衣武士的太刀，斷裂的太刀飛向土御門並刺穿了肩膀，使得白衣武士暫時從控制中解放。
即使負傷土御門也處之泰然，盈月只是魔力的泉源，並不是萬能的許願機，那是憑藉他的執念所製造出來，只為實現陰陽師願望的道具，土御門使用令咒召喚無主英靈過來準備壓制Saber，此時埋伏在暗處的地右衛門與Lancer出現，Lancer以迅雷不及掩耳的黑槍貫穿土御門，就在土御門在地上呼喊Rider時，Lancer無情的了斷土御門的性命，儀式的見證人，也是Caster的御主在此退場。
土御門死後無主英靈也恢復神智紛紛回到自己的靈地去，伊織質問地右衛門的目的，地右衛門評論伊織是"披著善人外皮的野獸"，暫時擊退Lancer後伊織決定先回到長屋，隱藏在暗處的正雪似乎另有目的...
回到長屋後鄭成功啟動念話跟伊織通訊，伊織報告儀式的見證人與操控英靈的主使者已經死亡了，鄭成功也馬上就要離開日本了，最後鄭成功說守護江戶是伊織戰鬥的理由，那伊織真正的"願望"又是什麼呢...?
2. 討伐Assassin路線 (結局: 一縷光芒)
伊織決定討伐Assassin，此時正雪出現了，為了保護江戶不被蛇妖所害，伊織回答正雪要去打倒蛇妖，這份心意打動正雪，但由於傷口尚未痊癒無法參戰的正雪目送伊織離開。
一路追擊到了橫須賀，看見與蛇神對峙的多羅蒂亞，原來在召喚Assassin時，多羅蒂亞將令咒設定為"失控時會自動鎖定自己的御主"，避免暴走的Assassin會傷及無辜。在伊織趕到時，多羅蒂亞也告訴了伊織Assassin的真名。
甲賀三郎，受伊吹之神詛咒的男人(FGO中望月千代女的祖先)，甲賀一族之祖，從山中異界回歸的魔人。
在Saber的寶具和武藏的幫忙下終於討伐了蛇神，多羅蒂亞也從盈月之儀淘汰。趕回寬永寺的伊織看到正雪，正雪說當他趕到寬永寺時，土御門已陳屍在大殿，Caster的御主也死了，剩下的御主只有四人。
失去主人的Caster襲擊了要傳令給鄭成功的使者後，現身在鄭成功面前，Caster請求跟鄭成功訂下契約，再次參加儀式，鄭成功表明自己只是敗軍之將，不會再次參加儀式，Caster則運用大明皇帝餓死的下場批評鄭成功不忠，那些一起殉死的人都是因為鄭成功給了他們可以復興的希望，所以才從容赴義，但鄭成功毫無勝算，大明也絕對不會復興，這位英靈既是Caster，也是Recorder(紀錄者)，積存大量古今的紀錄，因而可以一定程度的預測未來，擬似千里眼判斷鄭成功不論怎麼掙扎，都無法奪回中原故土，唯有盈月才能創造奇蹟。
鄭成功: "呵哈哈哈哈哈，沒錯! 只要是為了大明，為了陛下，我什麼都肯做! 即使明知眼前是杯毒酒，我也甘願一飲而盡。"
混亂的一天結束，Saber仰望著天空的新月，回想起在伊織幼年記憶中的那個月亮，若伊織誓願要超越那一劍，在成長的歲月中不斷磨練劍術，那他真心的願望，肯定不是期盼江戶的和平...唉...今夜月亮格外閃耀...
另一邊，正雪在土御門的居處找到紀錄，復興一族重新成為古都的支配者，就是土御門泰廣的唯一目的，為此謊稱盈月是萬能的許願機，但即使並非萬能，盈月仍擁有龐大的魔力...於是正雪帶走了盈月之器(聖杯)。
無為自然
伊織回想那一天，埋葬武藏的靈巖洞來了一位劍士，
新免武藏，此人一生百戰百勝，其劍術天下無敵，
畢竟他知道只要贏不了，就絕對不會正面迎戰，
這位劍士曾經與武藏一戰，武藏靠著戰術獲得勝利，
不只配合天地之理，就連時間也計算在內，地點就在巖流島。
少年回想起武藏的話，並且請求劍士收少年為徒，
因為...武藏忌憚劍士的刀法。
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