在位於北海道函館的斧江財閥收藏庫中,有著一把與新選組副長「土方歲三」有著深刻關聯的日本刀,怪盜基德也以此為目標送出了預告狀。平常以珠寶為目標的他,為什麼這次會將目標放在日本刀上?另一方面,服部平次與柯南一行人藉由劍道大會的契機前往函館,而在犯罪預告日當天,雖然平次精彩識破基德的喬裝,但......
與此同時,在函館倉庫街上發現一具胸前有著十字傷痕的遺體,隨著搜索的進行,一名被稱為「死亡商人」、以亞洲為活動據點的武器商人也隨之浮上檯面。他正在尋找斧江初代那位與軍事產業關係密切的當家隱藏在函館的秘寶。那是在戰時,傳聞可以將日本局勢逆轉的強力武器,而那個秘寶似乎也跟基德鎖定的日本刀有著一定程度的關聯性。此時就在基德面前,有位神秘的「劍士」現身了。