在母艦離開後，卡拉克遭到泰丹帝國的攻擊，這個跨越許多星系、占領1/4個銀河系的帝國現在不但控制著西亞加拉，更全力阻撓庫沈人取回他們的家園。
殘存在卡拉克地表數以百萬計的居民被大氣燃燒武器毀滅。母艦無法挽回這場浩劫，但誓言將對泰丹艦隊復仇。
很快的，庫沈遺民遭遇到了班圖西人，他們是一群善良的商人，願意提供科技與資訊。他們也遭遇到了侵擾貿易路徑千年的兇狠海盜土朗尼劫掠者，以及將所居的大星雲視為聖地的卡地許守衛。
在這同時，庫沈人不斷的研究新科技，太空載具也跟著不斷進步，最後成為一支龐大的艦隊，面對泰丹帝國日益增加的威脅。
在庫沈艦隊拯救了一艘遭到泰丹軍攻擊的班圖西貿易船後，班圖西人說明了他們的歷史：庫沈人曾經以西亞加拉為基點統治一個強大的帝國，但被泰丹所擊敗。
（續作萬艦齊發二-的歷史資料則指出班圖西人曾因為害怕西亞加拉人的野心過分膨脹而協助泰丹。）
西亞加拉人被流放到卡拉克（一部分人留在途中的大星雲中，最後成為了卡地許），永遠禁止離開。班圖西人說泰丹皇帝將會不計代價的阻止留放者回到故鄉。庫沈人還意外的得到了泰丹叛軍艦長艾爾森的幫忙，接受情報以及軍事上的援助。
在西亞加拉軌道上空的最後戰役，庫沈艦隊摧毀了泰丹皇帝的座艦，並奪回了他們的家園。
遊戲玩法
《萬艦齊發》以其單人戰役聞名，不過這款遊戲也包含了多人連線模式。不論是單人還是多人遊戲，都因為增加的第三個維度而變得更為複雜。
《萬艦齊發》的介面雖然在剛開始使用時會令人覺得困難，卻能夠讓玩家在這種新的戰鬥模式中完全掌控自己的船艦。
在單人戰役中，玩家可以選擇要成為庫沈還是泰丹，而另外一個種族將作為敵軍。這兩者基本上只有外觀不同（雖然每個種族都各自有兩種特有的單位），故事本身並不會因為種族的選擇而有所差異。
連線遊戲的流程和其他的即時戰略遊戲類似，像是沙丘魔堡二或是終極動員令系列。玩家要偵查地圖，採集資源，並建造單位。
由於遊戲在太空中進行，很明顯的不會出現大多數即時戰略遊戲中所謂的「建築物」；然而，母艦、航空母艦、與研究船基本上有著相同的功能，讓玩家可以建造並升級作戰單位。不過單人模式的遊戲方式則非常創新，帶領玩家邁向尋找家園的旅程。
遊戲中的艦艇包含了靈活的攻擊艦艇到笨重的主力艦。每個單位都有其獨特的功能，在力量、火力、速度、以及成本之間各自有不同的定位。
在單人遊戲中，《萬艦齊發》使用獨特的艦隊繼承概念，每一艘在之前任務中存活下來的船艦都將會留存到下一關。
因此，在第一關建造的船隻可能在遊戲結束時仍然存在於玩家的艦隊中。這個特色，在加上每個關卡之中只存在有限的資源，讓玩家必須決定艦隊的組成。但是部分玩家認為這一點讓遊戲變得非常困難，當玩家在前面的關卡軍力低落時，可能會在遊戲後期的某些困難關卡遭到蹂躪。
像是與大批的守衛艦隊作戰，或是玩家必須摧毀直直撞向母艦的巨大隕石，而母艦卻完全無法移動。這些任務需要大量的火力，但有時候玩家的火力就是不夠。
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